중앙관서의 장이 보조금 교부 신청을 받아 교부 여부를 결정하기 전에, 신청자가 신청 의 내용을 보완·변경할 수 있는지가 문제될 수 있다. 보조금 교부 신청은 일률적으로 「행 정절차법」 제17조제8항 본문이 적용되는 일반적인 처분으로 보기 어렵다. 「보조금법」 제 16조에서 보조금 교부 신청은 원칙적으로 공모의 방식으로 진행되기 때문이다. 관련 서류 제출의 기한이 공통적으로 적용되는 공모 절차를 거쳤음에도 교부 결정 전에 신청자가 신 청의 내용을 변경할 수 있도록 하면, 공모를 거쳐 결정해야 하는 중앙관서의 장에게 지나 친 행정 부담을 발생시킬 수 있다.
관련판례
2011두24514：처분권한의 주체
보조금법 및 같은 법 시행령(이하 '보조금법 시행령'이라 한다)은 ① 지방자치 단체에 대한 보조금의 경우 보조금이 지급되는 대상 사업의 범위, 기준보조율에 관한 사항은 대통령령으로 정하고(보조금법 제9조), ② 보조금법 제9조 제1호의 규정에 의하여 보 조금의 지급대상이 되는 지방자치단체의 사업에는 '사회복지보장시설 및 장비 지원'이 포함되고 그 기준보조율은 50%이며(보조금법 시행령 제4조 제1항, 별표 1), ③ 중앙관 서의 장은 보조금의 교부를 결정하였을 때에는 그 교부 결정의 내용을 지체 없이 보조 금의 교부를 신청한 자에게 통지하여야 한다(보조금법 제19조 제1항)고 각 규정하고 있고, 사회복지사업법은 국가나 지방자치단체는 사회복지법인에게 필요한 비용의 전 부 또는 일부를 보조할 수 있다(제42조 제1항)고 규정하고 있다.
한편, 지방재정법(2013. 7. 16. 법률 제11900호로 개정되기 전의 것, 이하 '지방재정법' 이라 한다)은 지방자치단체는 국고보조재원에 의한 것으로서 국가가 지정한 경우 등에 한하여 단체에 대한 보조를 할 수 있고(제17조 제1항), 국가는 정책상 필요하다고 인정 할 때 또는 지방자치단체의 재정 사정상 특히 필요하다고 인정할 때에는 예산의 범위 에서 지방자치단체에 보조금을 교부할 수 있으며(제23조 제1항), 시·도는 정책상 필 요하다고 인정할 때 또는 시·군 및 자치구의 재정 사정상 특히 필요하다고 인정할 때 에는 예산의 범위에서 시·군 및 자치구에 보조금을 교부할 수 있다(제23조 제2항)고
각 규정하고 있다.
또한, 부산광역시 보조금 관리 조례(이하 '부산시 보조금 조례'라 한다)는 시장은 국고 보조재원에 의한 것으로서 국가가 지정한 경우 등에 한하여 사업에 필요한 경비의 일 부 또는 전부를 보조할 수 있고(제4조), 시장은 보조금 교부결정 내용을 보조금 교부신 청자에게 통지하여야 한다(제8조 제1항)고 규정하고 있고, 부산광역시 기장군 보조금 관리 조례(이하 '기장군 보조금 조례'라 한다)는 군수는 국고보조재원에 의한 것으로서 국가가 지정한 경우 등에 한하여 사업에 필요한 경비의 일부 또는 전부를 보조할 수 있고(제4조), 보조금의 교부를 결정함에 있어 보조금액에 대한 상당률의 자체 부담과 법령 및 예산이 정하는 보조금의 교부목적 달성에 필요하다고 인정되는 조건을 붙일 수 있으며(제7조 제1항), 위와 같은 조건을 부가한 경우에는 그 조건을 부가한 지령서 를 보조금 교부신청자에게 발부한다(제8조 제1항)고 각 규정하고 있다.
위와 같은 관계 법령의 규정에 이 사건 보조금이 국가, 부산광역시, 부산광역시 기장군 의 세입·세출 예산에 반영된 것으로 보이는 점, 이 사건 요양시설은 사회복지보장시 설에 해당하는 점, 보조금법 제2조, 부산시 보조금 조례 제2조, 기장군 보조금조례 제2 조가 정한 '보조금', '보조사업', '보조사업자', '간접보조금', '간접보조사업자', '보조금 수령 자'의 정의 내용 등을 종합하여 고려하면, 이 사건 보조금에 관하여 보건 복지부장관은 보조금법에 따라 부산광역시장에게, 부산광역시장은 지방재정법, 부산시보조금 조례 에 따라 피고에게, 피고는 지방재정법, 기장군 보조금 조례에 따라 원고에게 순차적으 로 보조금 교부결정을 하였다고 봄이 상당하다.
따라서 원고는 피고의 보조금 교부결정과의 관계에서는 보조사업자, 부산광역시장 및 보건복지부장관의 보조금 교부결정과의 관계에서는 간접보조사업자 또는 보조금 수 령자의 지위를 중첩적으로 가진다 할 것이고, 지방자치단체가 국고보조금 등을 재원으 로 하여 사회복지법인이나 사회복지시설의 운영자에게 간접보조금을 교부하는 형태 로 간접보조사업을 하는 경우 그 보조금 수령자가 지급받은 보조금을 다른 용도에 사 용하는 등으로 법령을 위반한 때에는 그 간접보조사업을 수행한 지방자치단체의 장이 이미 교부한 간접보조금의 전부 또는 일부의 반환을 명할 수 있다 할 것이며, 비록 그 간접보조금의 재원이 국고보조금이나 지방비라 하더라도 반드시 중앙관서의 장(사회 복지사업의 경우 보건복지부장관)이나 지방비 교부권자(부산광역시장)가 반드시 보조 금의 교부결정취소권자 내지 반환명령권자가 되어야만 하는 것은 아니라고 봄이 상당 하다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두24514 판결 참조).
위와 같은 법리에다가 기장군 보조금 조례에서 보조금을 교부받은 자가 법령 또는 보 조 조건에 위반하였을 때 군수는 보조금의 교부를 중지하거나 이미 교부한 보조금의 전부 또는 일부의 반환을 명할 수 있다고 규정(제17조)하고 있는 점까지 보태어 보면, 사회복지사업법 및 기장군 보조금 조례에 근거하여 이 사건 보조금 중 일부의 교부결 정을 취소하고 그 취소 부분의 반환을 명한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.