IBS 사용자 매뉴얼

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생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼

윤단규

윤단규,

,

, 이

이

이 식

식

식,

,

, 이상주

,

이상주

IBS

IBS 사용자

사용자

사용자 매뉴얼

매뉴얼

(2)

IBS

(3)

IBS

IBS 사용자

사용자

사용자 매뉴얼

매뉴얼

이 책은 한국과학기술정보연구원 개발된 IBS (Integrated Bioinformatics System)의 사용자 매뉴얼입니다. IBS 사용 라이선스를 원하시는 분은 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱 스센터(www.ccbb.re.kr)로 문의하시기 바랍니다.

Published by Center for Computational Biology and Bioinformatics, KISTI Printed in Republic of Korea

English version will be available in 2006.

이 책에 대한 의견이나 조언을 주시고자 할 때 그리고 오탈자나 버그 등을 발견했을 경우, 언제든지 저자 중 한 명에게 이메일로 연락 주시기 바랍니다.

{avanti,siklee,lsj}@kisti.re.kr

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목

목 차

차

1 장

장

장: 서론

서론

서론 --- 3

서론

1.1 IBS란

란

란 무엇인가

란

무엇인가

무엇인가?--- 3

1.2 IBS 개발

개발

개발 의의

개발

의의

의의--- 3

1.3 IBS 구성

구성

구성--- 4

구성

1.3.1 IBS 구성도구성도구성도구성도 --- 5

1.3.2 IBS Quick Tour--- 5

2 장

장

장: IBS 시작

시작

시작 --- 8

시작

2.1 IBS 시작

시작

시작--- 8

시작

2.2 IBS Login --- 9

3 장

장

장: 분석

분석

분석 메뉴

분석

메뉴

메뉴 사용법

사용법

사용법 --- 11

3.1 SEARCH--- 11

3.1.1 Quick Search--- 11 3.1.2 Standard Search--- 14 3.1.3 Extended Search --- 19 3.1.4 Select DB--- 21 3.1.5 Search History --- 22 3.1.6 Show ClipBoard --- 23

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3.2 TOOL --- 24

3.2.1 Submit Tool Job --- 25

3.2 2 Tool Job List --- 27

3.2.3 Favorite Tool list --- 28

3.3 FOLDER --- 28

3.3.1 Folder contents --- 28

3.4 MYIBS --- 31

3.4.1 My DB Set --- 31 3.4.2 My Search Form --- 32 3.4.3 Manage View--- 33

3.5 HELP --- 35

(6)

1 장

장

장: 소개

소개

1.1 IBS

란

무엇인가

?

IBS는 Integrated Bioinformatics System의 줄임말로, 생명정보 검색 및 분석을 하나의 시스템에서 수행할 수 있는 통합시스템을 의미한다. 생명공학 연구자들에게 양질의 분석 프로그램을 제공하고 미래 산업의 핵심이 될 생명공학분야의 기반을 구축하기 위하여, 국책연구개발사업인 “IT 기반 바이오인포매틱스 인프라구축 및 응용연구” 사업 과제의 일환으로 한국과학기술정보연구원 바이오인포매틱스센터에서 IBS가 개발되었다. 기존의 통합 데이터베이스의 장단점을 분석한 결과에 기초하여 생물정보 데이터에 대해 진일보한 통합 데이터베이스를 설계/구축하여 IBS에 포함시켰으며, 검색엔진으로는 KISTI에서 자체 개발한 KRISTAL을 이용한다. 대용량 생물정보에 대한 색인, RDB와 검색엔진의 데이터 입력 및 자료연동을 위한 프로그램을 개발하여 관리자의 유지보수 편의성을 극대화시켰다. 또한, 사용자의 편의를 고려하여 웹 클라이언트 형태의 프로그램으로 개발되었다. 웹 서비스를 이용한 생물정보 도구를 구현하였으며, 다양한 검색양식과 사용자가 정의한 결과 화면을 제공할 수 있도록 하였다. 검색 결과의 재이용을 위해 사용자가 데이터를 저장할 수 있도록 사용자용 데이터베이스를 제공하며, 저장된 자료는 도구를 이용한 분석에 이용할 수 있다.

1.2 IBS

개발

의의

IBS는 국책연구개발사업인 ‘IT 기반 바이오인포매틱스 인프라구축 및 응용연구’ 사업 과제로 개발되었다. 선진국에서는 SRS나 Entrez 같은 국가 차원의 생물정보

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생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼 데이터 검색 및 도구 통합 시스템을 개발하여 적극 활용하고 있는데 반하여, 국내에서는 이와 관련된 연구가 전무한 상황이었다. 국내의 우수한 IT 기술을 기반으로 향후 생물학/유전체학 연구에서 필요로 하는 웹 기반의 대규모 분석 서비스 제공을 위한 인프라로서 IBS를 자체 개발한 것은 기반 및 응용연구로서 뜻 깊은 일이다..

1.3 IBS

구성

1.3.1 IBS

구성도

IBS 구성은 <그림 1>과 같다. 전체적으로 SEARCH, TOOL, FOLDER, MyIBS, HELP의 메뉴로 구성되어 있으며, 각각의 하위 단계에 여러 가지 세부 메뉴가 있다.

<그림그림그림 1 > IBS의그림 의의의 구성도구성도구성도구성도

I

B

S

Search Tool Folder MyIBS Help

Quick Search Standard Search Extended Search

Select DB

Submit Tool Job Tool Job List

Search History

Favorite Tool

Folder Contents My DB Set My Search Form

Manage View

Help Contents Help Search

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1.3.2 IBS Quick Tour

Search

Search 메뉴는 Quick Search, Standard Search, Extended Search, Select DB, Search History, Show ClipBoard로 구성되어 있다. • Quick Search는 전체 데이터베이스에 대해 혹은 그룹별 자료에 대해 사용자가 신속하게 검색할 수 있도록 한다. • Standard Search는 사용자가 검색할 필드를 선택하고 각 필드 별 검색 키워드를 입력하고, 각 검색의 Boolean 조건을 선택한 후 검색하는 표준검색을 수행한다. • Extended Search는 사용자가 검색할 DB의 세부항목을 상세하게 선택하여 조건을 선택한 후 검색하는 고급검색을 지원한다. 분석을 통해 얻기를 원하는 결과 위주로 볼 수 있기 때문에 각 분석도구에 대해 잘 아는 고급 사용자들에게 적합한 검색이다. • Select DB는 사용자 자신이 원하는 자료를 찾기 위해 수행하는 검색의 대상이 되는 데이터베이스를 선택하는 메뉴이다.

• Search History는 사용자가 검색했던 history를 보여주는 곳이다. 사용자가 썼던 쿼리 정보를 보여주며, 동일조건의 재검색도 가능하다.

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데이터베이스에 저장할 수 있다.

Tool

Tool 메뉴는 Submit Tool Job, Tool Job List, Favorite Tool List 항목으로 구성된다.

• Submit Tool Job은 사용자가 Job 정보, Tool 실행환경, Input 서열 및 데이터베이스를 설정한 후 신규 Tool Job을 등록할 수 있는 곳이다.

• Tool Job List는 등록된 Tool Job의 진행 현황을 조회하는 화면으로, 진행중인 Job에 대해 delete, stop, restart, refresh 등의 작업을 수행할 수 있다.

• Favorite Tool List는 IBS를 이용하여 데이터를 분석할 때, 자주 사용하는 Tool 실행환경을 저장/조회/삭제하는 화면이다. 신규 Tool 등록 시에 기 저장된 Tool 실행 환경을 재활용 할 수도 있다.

Folder

Folder 에서는 사용자가 자신의 자료를 저장하기 위해 폴더를 생성하고 자료를 입력, 삭제, 조회할 수 있다. Folder Contents 항목으로 구성되며, IBS에 로그인한 경우에만 사용할 수 있는 특징이 있다.

• Folder Contests는 New Folder, New Data, Delete Data, Submit to Tool로 구성되어 있다. 다양한 형식의 자료를 저장 가능하며, 계층적인 폴더 구조로 되어있다. 여기에 저장된 염기서열과 IBS 검색결과는 선택하여 추후 분석에 이용할 수 있다.

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MyIBS

MyIBS에는 My DB Set, My Search Form, Manage View 항목이 있다.

• My DB Set은 IBS 검색 시 Select DB의 결과를 저장해 놓은 곳이다. 생성된 시각과 수정된 시각, 그리고 소유자 정보를 준다. 정의된 DB Set의 일부를 선택하여 삭제할 수 있다.

• My Search Form은 IBS 검색 시 사용한 검색 형식들을 저장한 곳이다. 생성된 시각, 수정된 시각 및 소유자 정보를 알 수 있으며, 이름을 누르면 좀 더 자세한 정보도 볼 수 있다. 정의된 검색 형식을 선택하여 삭제할 수도 있다. • Manage View는 각 데이터베이스의 검색결과를 사용자가 원하는 형식대로 볼 수 있도록 지정할 수 있는 곳이다. Help Help 메뉴는 IBS 이용 중에 사용자가 궁금한 점이나 의문 사항이 있을 경우 도움을 얻는 곳이다.

• Help Contents에는 각 메뉴 별 전체 온라인 도움말이 있다. IBS 사용 중 각 메뉴에 대해 궁금한 점이 있으면 즉석에서 찾아볼 수 있다.

• Help Search는 IBS 검색 시 발생하는 의문점을 키워드를 이용해 검색하는 것으로, 이를 이용하여 도움말을 찾는 시간을 단축시켜 좀 더 효율적인 검색을 수행할 수 있도록 도와준다.

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2 장

장

장: IBS 시작

시작

이 장에서는 IBS를 처음 접하는 사람들을 위해 IBS 접근법, IBS의 간략한 메뉴 구성과 화면을 살펴보도록 한다. 각 파트에 대한 자세한 분석 방법 및 사용법은 3장을 참조하기 바란다.

2.1 IBS

시작

사용자가 편리하게 접근할 수 있도록 하기 위해 IBS는 웹 버전의 클라이언트 프로그램으로 개발되었다. 따라서 IBS를 사용하여 데이터 분석을 하기 위해서는 아래의 주소로 접속하여 로그인 하면 된다. 현재 서비스 되고 있는 IBS의 주소는 다음과 같다. http://ibs.ccbb.re.kr:8080/ibs/index.html 인터넷 창에 위의 주소를 치면 <그림 2>와 같은 IBS 초기 화면을 볼 수 있다. <그림그림그림 2> IBS 초기그림 초기초기초기 화면화면화면 화면

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IBS 화면에서, 상단의 를 클릭하면 언제든지 IBS의 초기화면으로 돌아갈 수 있다.

는 IBS의 메뉴를 나타낸 곳으로 SEARCH, TOOL, MyIBS, HELP를 선택하여 기본적인 분석을 할 수 있다. 하지만, 개인자료저장이나 서치할 때의 개인설정값 등을 저장하는 등 좀 더 고급스러운 옵션을 이용하기 위해서는 반드시 시스템에 로그인 해야 한다.

화면 하단의 에는 IBS의 전체적인 Sitemap을 볼 수

있는 Sitemap 메뉴와, IBS 사용 중에 발생되는 버그 리포트나 좀 더 나은 시스템을 위해 제언을 할 수 있는 Feedback 메뉴, 그리고 IBS 사용 온라인 Help 메뉴가 있다.

2.2 IBS Login

IBS에서 개인분석자료저장 등의 고급 메뉴를 사용하기 위해서는 로그인이 필수적이다. 초기화면의 [Login] 부분을 클릭하면 <그림 3>과 같은 화면이 나오는데, IBS를 처음 사용하는 사람들은 이 화면의 [Signup] 메뉴를 이용하여 사용자 등록을 하면 된다. <그림그림그림그림 3> IBS 사용자사용자사용자사용자 등록등록등록 화면등록 화면화면 화면

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생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼 <그림 4>는 로그인 후의 IBS 화면이다. 로그인 하기 전과 비교하여 메뉴의 [Folder] 부분이 추가되었음을 알 수 있다. <그림그림그림그림 4> Login 후의후의후의 IBS 화면후의 화면화면화면 여기까지 우리는 IBS를 이용하기 위한 기본적인 사항을 알아보았다. 다음 3장에서는 IBS를 이용하여 사용자가 원하는 분석을 자유롭게 할 수 있도록 각 분석 메뉴별로 자세한 사용법을 알아보자.

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3

3 3 장

장

장:

장

:

: 분석

분석

분석 메뉴

분석

메뉴

메뉴 사용법

사용법

이 장에서는 SEARCH, TOOL, FOLDER, MyIBS 등 IBS를 구성하고 있는 각 분석 메뉴별 로 자세한 사용법을 알아본다.

3.1 SEARCH

Search 메뉴는 Quick Search, Standard Search, Extended Search, Select DB, Search History, Show ClipBoard로 구성되어 있다. <그림 5>는 IBS Search 메뉴를 시작하는 화면이다. IBS 초기 화면에서 Search를 선택하고 원하는 항목을 클릭하면 검색이 시작된다. 각 항목별로 자 세한 검색 방법을 살펴보자.

<그림그림그림 5> IBS Search 초기그림 초기초기 화면초기 화면화면 화면

3.1.1 Quick Search

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<그림 6> 과 같은 화면이 나온다. Quick Search에서는 사용자가 신속히 전체 데이터베 이스에 대한 혹은 그룹별 자료에 대한 검색을 할 수 있다.

<그림그림그림 6> Quick Search 화면그림 화면화면 화면

<그림 6>은 Quick Search 화면이다. Quick Search 방법은 다음과 같다.

IBS Quick Search 방법방법방법방법

Step 1

IBS 초기 화면에서 Search > Quick Search 선택 Step 2

Select Databank or My DB Set에서 원하는 DB 그룹을 선택한다. 또는 Select DB에 가서 원하는 DB를 미리 지정, 선택할 수 있다.

Step 3

(16)

생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼 예 예 예 예 제제제제 <그림그림그림그림 7> Quick Search 실행실행실행실행 결과결과결과결과

<그림 7>은 IBS 초기화면에서 Search > Quick Search를 선택한 후, 원하는 DB그룹을 모든 DB “ ALL ” 로 하고, 검색 키워드에 “ phosphate ” 를 입력한 결과이다. Databases(No. of Entries)에는 키워드를 phosphate로 검색했을 때, KEGG에서 7건, SwissProt에서 186건, GenBank에서 11건의 결과가 검색되었음을 보여준다. 여기에서 각자 원하는 결과를 선택하여 볼 수 있다. 또한 View에서는 미리 설정해 놓은 사용자 정의 검색결과 표시 형식을 불러와서 개인 사용자 맞춤으로 결과를 볼 수도 있다. View 설정은 MyIBS의 Manage View에서 할 수 있는데 자세한 설명은 MyIBS 부분에서 살펴

보도록 한다. 검색결과는 를 이용하여 Clipboard에 저장가능하

며, 결과창에 나타난 각각의 검색 결과를 선택하면 더 자세한 결과를 볼 수 있다. 한편,

화면 하단의 를 이용하여 검색결과 내에서 다른 키워드를

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3.1.2 Standard Search

Standard Search는 사용자가 검색할 필드를 선택하고 각 필드 별 검색 키워드를 입력하고, 각 검색의 Boolean 조건을 선택한 후 검색하는 표준검색을 수행한다.

<그림 8>은 Standard Search의 초기 화면이다. 화면의 Select My DB Set에서 DB를 선택하고 버튼을 누르면 <그림 9>와 같은 화면이 뜨면서, Standard Search의 조건을 선택할 수 있는 상태의 화면이 나온다. <그림 9>는 검색 DB를 GenBank로 했을 때의 상세화면이다. <그림 9> 화면에서 Select My Search Form 메뉴를 이용하여, 사용자가 정한 검색 조건으로 검색이 가능하다. 또한 검색 Field를 선택하고 Keyword 입력란에 검색어를 넣고, Boolean검색 조건을 지정하여 사용자가 원하는 조합에 대해 검색을 할 수 있다. 현재 디폴트로 자료 검색 폼이 3개까지만 나와있지만, Add more..를 이용하여 검색 Filed 조건을 추가할 수 있다. 검색 시 사용한 검색 형식은 Save My Search Form을 이용하여 저장 가능하다. 저장된 My Search Form의 정보는 MyIBS의 My Search Form 메뉴에서 확인 가능한데, 이에 관한 자세한 설명은 MyIBS 에서 하도록 한다.

(18)

<그림그림그림 9> Standard Search 상세그림 상세상세 화면상세 화면화면 화면

IBS Standard Search 방법방법방법방법

Step 1

IBS 초기 화면에서 Search > Standard Search 선택

Step 2

Standard Search 초기 화면의 Select My DB Set에서 검색을 실행하고자 하는 DB를 선택한다. 또는 Select DB에서 원하는 DB를 미리 지정, 선택할 수 있다.

Step 3

Standard Search 상세 화면에서 Select My Search Form을 로딩한다. 미리 설 정된 My Search Form이 없으면 Field에서 검색 형태를 그냥 정해주면 된다. 참고로, 검색에 사용된 새로운 검색 형식은 추후 저장 가능 하다.

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생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼 Step 4 Field란에서 검색 필드의 조건을 선택하고, Keyword 입력란에 검색어를 입력한 후, 검색 Boolean 조건을 지정한 후, 화면 하단의 버튼을 눌러서 검 색한다. 예 예 예 예 제제제제

<그림 10>은 Standard Search Form에서 검색조건과 검색어를 입력한 화면이다. Select My DB Set에서 DB는 GenBank를 선택하였으며, Select My Search Form은 사용자가 미리 정의해 둔“testSearchForm”을 로딩하여 사용하였다. 검색형식“testSearchForm”은 Field 검색에서 KEYWORD와 ORGANISM 정보로 검색하는 것으로, 이 형식을 로딩하면 Field창에 지정된 검색 형식 범주가 자동으로 나타난다. KEYWORD는 “ phosphate ” 로 ORGANISM은 “ human ” 으로 검색하였다. 참고로, 미리 지정된 검색 형식이 없다면, Field창에 본인이 원하는 검색 형식을 선택하여 넣어주면 된다. 그리고 여기에서 사용 된 검색 형식은 Save My Search Form 메뉴를 이용하여 저장가능 하다.

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<그림그림그림그림 11> Standard Search 검색검색검색 결과검색 결과결과결과

<그림 11>은 Standard Search 검색 결과를 보여준다. View 부분에서 검색 결과를 보여 주는 형식을 따로 지정할 수 있는데, 예제에서는 그냥 디폴트 리스트 형식을 선택하였 다. <그림 12>는 검색결과를 사용자가 정의한 대로 상세하게 보여주는 화면이다. 결과 화면에서는 결과 내 재검색도 가능하며, 검색결과를 선택하여 ClipBoard에 저장할 수 있다.

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<그림그림그림 13> Standard Search 상세결과화면그림 상세결과화면상세결과화면상세결과화면 (2)

<그림그림그림그림 14> 검색결과를검색결과를검색결과를 ClipBoard에검색결과를 에에에 저장저장저장저장

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생명정보 콘텐트 구축 매뉴얼 이였을 경우, 위와 같은 성공 메시지가 나온다. 저장된 결과는 Show ClipBoard에서 다 시 확인할 수 있다. Show ClipBoard는 3.1.6에서 자세히 다루기로 한다.

3.1.3 Extended Search

Extended Search는 사용자가 검색할 DB의 세부항목을 상세하게 선택하여 조건을 선택한 후 검색하는 고급검색을 지원한다. 사용자가 분석을 통해 얻기를 원하는 결과 위주로 볼 수 있기 때문에 각 분석도구에 대해 잘 아는 고급 사용자들에게 적합한 검색이다.

IBS 메뉴에서 Search > Extended Search를 선택하면 Extended Search 화면이 나온다. Extended Search의 초기화면은 <그림 15>와 같다. Standard Search 와 마찬가지로 DB Set을 선택하면, 상세한 조건 검색이 시작 된다.

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<그림그림그림그림 16> Extended Search 상세상세상세 검색상세 검색검색검색 화면화면화면화면

<그림 16>은 Extended Search의 상세화면을 보여준다. DB Set을 선택하면 그 DB에 맞는 상세한 조건 Field를 모두 보여주어 사용자가 조건을 직접 입력하고 기준값을 정할 수 있다. DB가 GenBank일 때의 Extended Search Form으로, LOCUS나 서열 길이, 분자 형태 등 다양한 조건을 직접 선택하여 고급 검색을 할 수 있다.

IBS Extended Search 방법방법방법방법

Step 1

IBS 초기 화면에서 Search > Extended Search 선택

Step 2

Extended Search 초기 화면의 Select My DB Set에서 검색을 실행하고자 하는 DB를 선택한다. 또는 Select DB에서 원하는 DB를 미리 지정, 선택할 수 있다.

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Step 3

Extended Search 상세 화면에서 사용자가 원하는 조건의 검색어를 입력한다.

Extended Search의 결과는 Standard Search의 결과와 대동소이 하므로 Standard Search 부분을 참조하기 바란다.

3.1.4 Select DB

<그림그림그림그림 17> Select DB

Select DB는 사용자 자신이 원하는 자료를 찾기 위해 수행하는 검색의 대상이 되는 데이터베이스를 선택하는 메뉴이다. <그림 17>은 IBS Select DB의 초기 화면이다. 현재는 사용빈도가 높은 Nucleotide Sequence DB로 GenBank, Protein Sequence DB로

SwissProt, Pathway 데이터베이스로는 KEGG가 서비스 되고 있는데, 추후 보강 예정이다.

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<그림그림그림그림 18 > Select DB – DB를를를를 선택하고선택하고선택하고선택하고 저장저장저장저장

<그림 18>은 Select DB에서 사용자가 검색 시 원하는 DB를 선택하여 저장하는 화면이다. Save My DB Set에 저장할 파일명을 입력하고 Save My DB Set 버튼을 누르면, 개인이 정의한 DB형태가 저장된다. 한편, Select DB에서 DB 선택 후 Quick Search나 Standard Search, Extended Search 등으로 직접 갈 수도 있다.

3.1.5 Search History

<그림 19>는 Search History 초기 화면이다. IBS 메뉴의 Search> Search History를 클릭하면 관련 화면으로 이동한다. Search History에서는 검색한 쿼리 정보와 명령어, 검색 형식, 생성날짜를 보여준다. Query, Type, Created 정보 별로 정렬 가능하며, Command 부분에서는 requery를 할 수 있고, goto form을 이용하여 동일조건의 검색 폼으로 이동할 수도 있다. Delete 기능을 이용하여 검색 이력을 선택하여 삭제할 수도

(26)

있다. 화면 하단의 를 이용하여 페이지를 이동할

수 있다.

<그림그림그림 19> Search History 그림

3.1.6 Show ClipBoard

Quick Search, Standard Search, Extended Search 등의 검색 결과 중 사용자가 원하는 Add to ClipBoard를 이용하여 결과를 저장한 경우 이 페이지에서 볼 수 있다. 검색 결과를 ClipBoard에 저장하는 방법에 대해서는 3.1.2절의 <그림 14>에서 살펴 보았다. <그림 20>은 성공적으로 검색 결과를 저장한 후 Show ClipBoard를 클릭했을 때 나타나는 화면이다.

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<그림그림그림 20> Show ClipBoard 그림

Query 정보와 결과 Entry의 수를 보여주며, Folder 항목에서는 사용자가 저장할 폴더를 지정하고, Save 메뉴를 이용하여 결과를 저장할 수 있다. 또한, Description 메뉴를 이용하여 결과를 저장할 때의 간략한 설명을 쓸 수도 있다. Delete 항목을 이용하여 ClipBoard의 내용을 삭제할 수 있으며, 화면 하단의 를 이용하여 ClipBoard 내에서 페이지를 이동할 수 있다.

3.2 TOOL

Tool 메뉴는 Submit Tool Job, Tool Job List, Favorite Tool List 항목으로 구성된다. 연구자의 효율적인 분석작업을 위해 Iteration 알고리즘을 적용하여 하나의 분석도구 옵션으로 다중 서열에 대한 분석을 일괄 처리할 수 있도록 하였으며, Recursion 알고리즘을 사용하여 하나의 서열에 대해 다양한 분석도구 옵션을 적용하여 분석이 가능하게끔 하였다. 또한 미리 지정된 Tool 실행 환경을 다시 사용할 수 있는 기능이 있다.

(28)

3.2.1 Submit Tool Job

<그림그림그림그림 21> Submit Tool Job 화면화면화면화면- Select tool : blastn

<그림 21>은 Submit Tool Job의 초기 화면이다. 이 화면은 Select tool에서 어떤 tool을 선택하느냐에 따라 디스플레이가 조금씩 달라지는데, 전반적인 구조는 비슷하다.

(29)

<그림 22>에서 볼 수 있듯이 Submit Tool Job화면의 구성은 크게 Job 이름을 주는 곳, tool을 선택하는 부분, 선택된 tool에 대해 검색 조건을 지정하고 저장하는 부분, 분석할 서열을 입력하는 부분, submit 부분으로 나눌 수 있다

Job Name에서 Job 정보를 주고, Select tool에서 tool을 선택한다. 참고로 현재 선택할 수 있는 tool 에는 blastn, fasta34, ClustaW, blat, iprscan, FoldIndex,

BestPrimers, SuggestES, SeqFacts가 있다.

<그림 21>과 <그림 22>는 Select tool에서 tool을 blastn으로 선택한 화면이다. 여기에서 Job 정보, Tool 실행 환경, Input 서열 및 데이터베이스를 설정한 후 Submit 버튼을 눌러 신규 Tool Job을 등록한다.

<그림그림그림그림 23> Submit Tool Job에서에서에서 미리에서 미리미리 설정된미리 설정된설정된설정된 Tool 적용적용적용적용

Tool 실행 환경을 설정할 때, 버튼을 누르면 <그림 23>과 같은 팝업 창이 뜬다. 여기에서 미리 저장된 Tool 실행 환경을 선택하여 적용할 수 있다.

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팝업창이 뜨면서 서열을 직접 입력할 수 있다. Add from File을 이용하여 서열 자료를 개인의 PC에서 직접 불러와서 분석할 수 있다. Add from folder는 IBS의 개인 폴더로부터 서열자료를 입력하여 분석에 사용할 때 필요하다. Job 이름과, tool 실행환경, 서열을 입력 후 하단의 Submit 버튼을 눌러 Job을 수행한다.

3.2.2 Tool Job List

<그림그림그림그림 24> Tool Job List 화면화면화면화면

<그림 24>는 Tool Job List 의 메인 화면이다. 사용자의 등록된 Tool Job의 진행 현황을 조회하는 화면으로 진행 중인 Job에 대해 Delete, Stop, Restart, Save 등의 작업들을 수행할 수 있다.

Submit된 Tool Job에 대한 Job의 상세 정보와 submit된 날짜, 시작과 끝의 정보를 알 수 있다.

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3.2.3 Favorite Tool List

<그림 25>는 Favorite Tool List의 화면이다. 자주 사용하는 Tool 실행 환경을 저장/조회/삭제하는 화면으로 신규 Tool Job 등록 시에 기 저장된 Tool 실행 환경을 불러와서 다시 활용할 수 있다.

<그림그림그림 25> Favorite Tool List 화면그림 화면화면 화면

3.3 FOLDER

3.3.1 Folder Contents

폴더 메뉴를 이용하여 다양한 형식의 자료 저장이 가능하다. 계층적 폴더 구조로 되어 있으며, 자료입력, 자료의 내용 보기, 저장 및 삭제가 가능하다. Folder 메뉴를 이용하 기 위해서는 사용자 로그인이 필수적이다. <그림 26>은 IBS Folder Contents의 메인 화면이다.

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<그림그림그림그림 26> IBS Folder 화면화면화면화면

New Folder

<그림그림그림그림 27> Folder Contents의의의 New Folder 선택의 선택선택선택 화면화면화면 화면

<그림 27>은 Folder contents에서 새로 폴더를 만들 때 사용하는 New Folder 화면이다. 폴더 이름과 description을 쓴 후 create 버튼을 누르면 새로운 폴더가 생성된다.

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New Data

<그림그림그림 28> Folder Contents의그림 의의 New Data 선택의 선택선택선택 화면화면화면 화면

<그림 28>은 Folder contents의 New Data 선택 화면이다. Type에서 Text, Sequence, Folder, File 등의 여러 가지 Type으로 저장이 가능하며, 개인 PC에서 File을 입력하여 저장하는 것도 가능하다.

Delete Data

Folder contents의 파일들을 삭제할 수 있다.

Submit to Tool

Submit to Tool 항목을 이용하여 Folder contents에 저장한 염기서열, 검색 결과를 선택하여 분석에 이용할 수 있다.

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3.4 MyIBS

MyIBS는 My DB Set, My Search Form, Manage View 항목으로 구성된다. 개인이 IBS 검색 시 설정해 놓은 DB Set과 Search Form, 결과를 보여주는 View 형식을 사용자가 각자의 목적과 취향에 맞게 구성할 수 있는 곳이다.

3.4.1 My DB Set

<그림 29>는 MyIBS >My DB Set의 화면이다. My DB Set는 IBS 메뉴의 Search > Select DB Set 의 결과를 저장해 놓은 곳으로, 생성된 시각과 수정된 시각, 그리고 소유자 정보를 준다. 정의된 DB Set의 일부를 선택하여 삭제할 수 있다.

<그림그림그림 29> MyIBS의그림 의의 My DB Set 화면의 화면화면화면

Name을 선택하면 <그림 30>과 같은 Detail MyDBSet 화면이 나온다. Set name, Description, DB List 변경할 수 있다. Save Edit 메뉴를 이용하여 저장되어 있는

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기존의 DB Set을 수정하고 저장할 수 있고, Create new 에서 새로운 DB Set을 만들 수 있다. 또한 여기에서 바로 Quick Search, Standard Search, Extended Search 등으로 바로 연결이 가능하다.

<그림그림그림그림 30> My DBSet의의의 Detail MyDBSet 화면의 화면화면화면

3.4.2 My Search Form

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My Search Form은 IBS 검색 시 사용한 검색 형식들을 저장한 곳이다. <그림 32>는 Manage My Search Form의 기본 화면이다. 생성된 시각, 수정된 시각 및 소유자 정보를 알 수 있으며, 이름을 누르면 좀 더 자세한 정보도 볼 수 있다. 그림 32 Detail MySearchForm에서 Set name을 새로 지정하고, 간략한 Description을 입력 가능하며, Field와 Condition 정보를 선택하여 검색 형식의 수정/변경이 가능하고, Add more.. 를 이용하여 새로운 Field 생성도 가능하다. 또한 검색 형식 변경 후 Standard Search로 바로 이동하여 데이터 분석을 할 수 있다.

<그림그림그림그림 32> Detail MySearchForm

3.4.3 Manage View

Manage View는 각 데이터베이스의 검색결과를 사용자가 원하는 형식대로 볼 수 있도록 지정할 수 있는 곳이다. <그림 33>은 Manage View의 화면이다. View Name, 검색 Type, Style등의 정보와 생성 날짜, 수정 날자, 소유자 정보를 보여준다.

(37)

Name을 클릭하면 <그림 34>와 같이 Detail View 화면이 나타난다. 사용자는 이 화면에서 View Name과 View Style 등의 View 관련 형식을 수정하고 저장하거나, 새로운 View 형식을 만들 수 있다.

<그림그림그림그림 33> MyIBS의의의의 Manage View

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3.5 HELP

<그림그림그림그림 35> IBS Help 화화화화면면면면

Help 메뉴에는 IBS의 사용을 용이하게 해주는 전체적인 도움말 기능이 있다. 또한, IBS 이용 중에 발생하는 궁금한 점이나 의문 사항이 있을 경우 키워드로 직접 도움말을 찾아볼 수도 있다. <그림 35>는 IBS Help의 메인 화면을 보여준다. Help Contents와 Help Search 항목이 있다. Help Contents에는 각 메뉴 별 전체 온라인 도움말이 있으며, Help Search는 도움말을 키워드로 검색할 수 있는 곳으로, 이를 이용하여 도움말을 찾는 시간을 단축시켜 빠르고 효율적인 IBS 사용이 가능하게끔 보조한다.

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