총연구개발투자의 25% 수준을 차지하고 있는 정부 및 공공 부문 이 부담하는 재원 중에서 순수 민간기업체로 유입되는 직접보조금 의 규모를 파악하기 위해 과학기술부에서 발간하는 과학기술연구 활동조사보고서와 국가과학기술위원회에서 발표하는 2006년도 국 가연구개발사업 조사･분석 보고서를 참고하였다. 이 두 보고서에서 발표하고 있는 수치와 추이가 서로 상이하지만 매해 민간기업이 사 용하고 있는 정부 및 공공 부문의 연구개발투자 재원은 1조 원 안팎 인 것으로 파악되었다.6)
먼저 <표 5>의 과학기술부 자료를 살펴보면 순수 민간기업체로 유 입된 직접보조금의 규모는 1995년 이후 지속적으로 증가하다 2001년 9,888억 원 규모로 최대 수준으로 나타났다. 이후 2002년부터 하락 하기 시작하여 2004년과 2005년에는 각각 6,892억 원과 6,834억 원 규모로 감소한 것으로 나타났다. 반면 정부의 연구개발투자 예산은 미래 성장동력 확충이라는 정책목표를 위해 해마다 확대되어왔으
6) 두 자료의 차이는 조사방식에 기인하는 것으로 판단된다. 과학기술부의 자료는 설문조사 결과이고 국가과학기술위원회의 자료는 국가연구개발사업의 모든 세부 과제의 자료를 총합한 결과이다.
나 증가된 연구개발투자 예산의 대부분은 주로 민간기업이 아닌 정부출연연구소나 국공립연구소 및 대학에서 사용된 것으로 판단 된다.
❙표 5. 민간기업에서 사용한 정부 및 공공 재원의 추이
(단위: 백만 원, %)
민간에서 사용한
정부 및 공공 재원 증가율
1995 237,723
-1996 340,389 43.19
1997 418,355 22.90
1998 449,076 7.34
1999 508,172 13.16
2000 719,257 41.54
2001 988,854 37.48
2002 779,303 -21.19
2003 695,090 -10.81
2004 689,167 -0.85
2005 683,369 -0.84
자료: 과학기술부, 과학기술연구활동조사보고서, 각 연호
정부의 연구개발투자의 투명성과 객관성 확보 및 재원의 효율성 제고를 위해 1999년부터 한국과학기술기획평가원의 주관으로 국가 연구개발사업의 조사･분석을 수행하고 국가과학기술위원회의 보고 를 거쳐 보고서를 발간하고 있다. 이 자료에 따르면 정부의 연구개 발투자 예산은 연평균 13.2%씩 증가하여 1999년 3조7천억 원 규모 에서 2005년 7조8천억 원 규모로 증가한 것으로 나타났다. 1999～ 2004년까지의 조사･분석 대상 투자액 규모에는 인문사회 분야 연구 사업과 일부 비밀로 분류된 국방부 연구사업이 포함되어 있지 않아 서 정부 연구개발투자 예산의 75～85% 정도의 투자액만 조사･분석
대상이었으나 조사･분석 대상 사업의 확대를 통해 2005년부터는 모 든 연구개발사업으로 대상을 확대하여 조사･분석 대상 투자액 규모 는 정부 연구개발투자 예산의 99.9%에 달한다. 다만 비밀로 분류된 국방연구개발사업은 연구책임자 및 세부과제 요약 등 일부 항목에 대한 수집을 제외하였다. 2005년 현재 수행된 390개 국가연구개발 사업 30,425개 과제에 투자된 금액은 정부예산과 거의 동일한 수준 인 7조8천억 원 규모로 집계된다.
❙표 6. 중앙정부 R&D 예산과 조사･분석 대상 현황
(단위: 억 원, %, 개)
1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 연평균 증가율
R&D 예산
예산 32,740 37,495 44,853 51,583 55,768 60,995 67,368 12.8 기금 4,327 4,479 12,487 9,833 9,386 9,832 10,628 16.2 총투자 37,067 41,974 57,340 61,416 65,154 70,827 77,996 13.2 조사
분석 대상
투자액 27,013 30,746 45,283 46,984 49,036 59,847 77,904 19.3 사업수 197 204 217 211 266 314 390 12.1 과제수 14,284 16,812 21,237 22,921 25,794 26,514 30,425 13.4 주: 1) 1999～2004년 조사･분석 대상은 정부 연구개발예산에서 인문사회 분야 연구
사업과 일부 비밀로 분류된 국방부 연구사업은 제외하고 원자력연구개발기금, 과학기술진흥기금, 전력산업기반기금 및 정보통신진흥기금을 포함.
2) 과학기술행정체계 개편에 따라 2005년 예산편성 시 국가연구개발사업의 부처 간 이관이 시행되었고, 2004년 조사･분석 대상 사업수는 이를 반영하여 이관 후 기준으로 산정함.(예: 나노바이오연구개발사업은 복지부･정통부･산자부 등 3개부처로 일부 이관되어 4개 사업으로 함)
3) 2001년 R&D 예산 중 기금금액은 IMT2000 출연금의 정보통신진흥기금 전입을 포함.
자료: 국가과학기술위원회, 국가연구개발사업 조사･분석보고서, 2006.
❙표 7. 조사･분석 대상 투자의 사용주체별 현황
(단위: 억 원, %)
국공립
연구소 출연
연구소 대학 대기업 중소기업 기타 합계
2001 금액 4,390 17,724 10,826 2,170 6,146 4,027 45,283 비율 9.7 39.1 23.9 4.8 13.6 8.9 100.0 2002 금액 4,572 19,450 10,609 1,463 6,126 4,764 46,984
비율 9.7 41.4 22.6 3.1 13.0 10.1 100.0 2003 금액 4,281 21,135 11,141 1,631 6,514 4,334 49,036
비율 8.7 43.1 22.7 3.3 13.3 8.9 100.0 2004 금액 4,059 26,001 13,233 2,459 7,576 6,519 59,847
비율 6.8 43.4 22.1 4.1 12.7 10.9 100.0
2005 금액 4,408 34,081 18,273 3,914 8,285 8,943 77,904 비율 5.7 43.7 23.5 5.0 10.6 11.5 100.0 주: 기타는 비영리법인, 연구조합, 협회, 학회, 정부투자기관, 복수의 수행주체 등 자료: 국가과학기술위원회, 국가연구개발사업 조사･분석 보고서, 2006.
조사･분석 대상에 포함되는 연구개발투자의 사용주체별 현황을 살펴보면, 73～75% 수준의 국가연구개발사업 투자재원이 국공립연 구소, 정부출연연구소, 대학에서 사용된 것으로 나타난 반면, 순수 민간기업에 유입된 재원은 전체의 15～18% 수준에 그친 것으로 나 타났다. 민간기업 중에서도 중소기업에서 사용한 재원이 대기업에 서 사용한 재원보다 2～3배 정도 큰 것으로 나타났다.
Ⅱ. 연구개발투자에 대한 조세지원제도 및 현황
우리나라의 연구개발투자에 대한 조세지원제도는 크게 손금산입 확대제도와 세액공제제도로 구분할 수 있다. 손금산입 확대제도로 는 연구개발을 위한 자산의 가속상각제도가 있다.7) 가속상각제도는 다른 일반자산에 적용하는 내용연수보다 매우 짧은 내용연수를 연 구 및 인력개발을 위한 자산에 적용함으로써, 다른 일반자산보다 더 빨리 감가상각할 수 있도록 허용하는 제도이다. 한편, 세액공제제도 에는 연구 및 인력개발비의 세액공제, 연구 및 인력개발을 위한 설 비투자에 대한 세액공제, 그리고 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등의 지방세 면제가 있다. 이러한 조세지원제도는 기업이 지출한 연구개발투자의 실질적 비용을 낮추는 역할을 한다.
2006년까지 시행되던 연구 및 인력개발 준비금의 손금산입제도는 조세특례제한법 제9조에 의해 수입금액의 3% 이내의 범위에서 손금 으로 산입할 수 있는 제도였다. 이때 기술집약적인 산업, 자본재산 업, 부품소재 산업 등에 속한 기업은 연간 수입금액의 5% 이내의 범 위에서 손금으로 산입할 수 있었다. 대기업의 경우에는 연구 및 인 력개발비 세액공제에 적용된 비용은 중복 적용할 수 없다. 그리고 사용한 적립금은 준비금으로 적립한 해로부터 3년 이후 3년간 분할 하여 익금에 산입해야 하며 사용하지 않은 준비금은 3차년 익금으 로 전액 산입해야 한다.
7) 손금산입을 확대해 주는 다른 제도로는 연구 및 인력개발 준비금의 손금산입제도 가 있었으나 2006년 12월 조세특례제한법 개정 시에 폐지되었다.
이 제도 역시 미래 연구개발투자의 단위당 사용자비용을 낮추는 효과가 있다. 그러나 기업이 매해 지출하는 연구개발비 중에서 연구 및 인력개발 준비금으로 지출된 비중이 어느 정도인지 측정하기 어 렵고 준비금으로 적립한 지 3년 이내에 사용하지 않은 잔액은 익금 에 산입되어 과세소득이 되므로 연구 및 인력개발 준비금 손금산입 제도는 한시적 손금산입 확대에 의한 간접적이고 제한적인 과세이 연제도이다. 따라서 이 제도는 본 연구의 분석대상에서 제외한다.8) 본 연구의 분석대상으로는 연구개발투자에 의해 형성된 고정자산에 대해 다른 투자에 의해 형성된 고정자산보다 빨리 감가상각하여 손 금에 산입하도록 하여 연구개발투자 1단위당 사용자비용을 직접적 으로 낮추는 가속상각제도와 연구개발투자 한 단위의 비용을 직접 적으로 낮추는 세액공제제도만을 분석대상으로 한다.