조세특례제한법상에서의 중소기업 지원제도와 개선방향

정책연구 2010󰠏13

조세특례제한법상에서의 중소기업 지원제도와 개선방향

김 필 헌

조세특례제한법상에서의 중소기업 지원제도와 개선방향

1판1쇄 인쇄 / 2010년 12월 13일 1판1쇄 발행 / 2010년 12월 16일

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ISBN 978󰠏89󰠏8031󰠏591-8 값 6,000원

목

차

요 약 ․ 5

제

1

장 연구배경 및 목적 ․ 17

제

2

장 중소기업 지원제도의 배경 ․ 21

제

3

^장 조세특례제한법의 성격과 구조 ․ 27 1. 조세특례제한법의 성격 ․ 27 2. 조세특례제한법의 구조 ․ 31 3. 조세특례제한법의 운용현황 ․ 34

4. 조세특례제한법상에서의 중소기업 관련 조세지원 ․ 39

제

4

장 조세특례제한법의 평가와 개선방향 ․ 53 1. 평가 ․ 53

2. 문제점 ․ 56 3. 개선방향 ․ 64

참고문헌 ․ 72

표 목 차

<표 1> 1996~2009년 정부재정 대비 중기청 소관 예산 ․ 기금 비중 ․ 20

<표 2> 조세지원제도 지원방법별 비교 ․ 33

<표 3> 중소기업 지원책 관련 법률 및 예산 ․ 조세지출 현황 ․ 35

<표 4> 국세수입 및 조세지출 총액 ․ 38

<표 5> 중소기업기본법과 조세특례제한법상 중소기업의 범위 비교 ․ 40

<표 6> 기업 규모별 연도별 법인세 실효세율 ․ 55

<표 7> 조세지원제도가 경영의사결정에 미치는 영향정도 ․ 56

<표 8> 중소기업 조세지원제도의 활용정도 ․ 58

<표 9> 회계처리 및 세무신고의 애로사항 ․ 59

<표 10> 중소기업 졸업으로 초래되는 조세환경 변화 ․ 61

<표 11> OECD 주요국 기업 규모별 혁신능력 비교 ․ 67

<부표 1> 주요 중소기업 사업 ․ 76

<부표 2> 일몰기준 조세지원제도 ․ 77

<부표 3> 3 ․ 18 중견기업 육성대책의 주요 내용 ․ 80

요 약

1. 연구배경 및 목적

□ 우리 경제에서 핵심적 역할을 수행하는 중소기업에 대한 지원 확대에도 불구하 고 중소기업의 정체현상은 해소되지 않고 있음.

󰠏 현재 1,000여 개에 달하는 중소기업 지원책이 다양한 분야에서 이루어지고 있 으며, 관련 예산 및 조세지출도 크게 확대됨.

◦ 2007년 기준으로 중앙부처, 지자체, 유관기관의 총 185개 기관에서 총 1,361 건의 사업에 약 19조 원을 투입했으며, 2008년 정책자금, 신용보증, 기술보증 을 통해 50조 원의 지원이 이루어짐.

◦ 행정부처의 중소기업 지원관련 예산은 2006년 약 7조2천억 원에서 3년 만에 14조 원으로 두 배 증가하였음.

◦ 국세청 통계에 따르면 중소기업 지원 목적의 조세지출은 1998년 2,860억 원 에서 2008년 3조3천억 원으로 크게 확대됨.

󰠏 이 같은 정부의 적극적인 지원책에도 불구하고 중소기업 집단의 정체현상은 해 결되지 않고 있음.

◦ 2000년대 이후 중소기업의 기술혁신 노력은 대기업을 기준으로 40% 수준에 지나지 않으며, 노동생산성 측면에서도 2000년대 이후 대기업의 40% 수준을

벗어나지 못하고 있음.

󰠏 본 연구는 조세특례제한법상의 현행 중소기업 조세지원제도의 검토를 통해 정 책의 효율성 제고를 위한 정책대안을 제시하고자 함.

2. 중소기업 지원제도의 배경

□ 우리나라의 중소기업 정책은 태생적으로 보호육성 및 소극적 개발의 성격을 띠 고 있음.

󰠏 1970년대 후반 이후 국제환경의 급변과 중산층 지원 측면에서 중소기업의 역할 이 강조되면서 중소기업 보호육성 정책들이 강력하게 추진됨.

◦ 1980년대에는 민주화 바람과 함께 중산계급으로서의 중소기업 보호의 필요 성이 제기되면서 보호육성 정책들이 더욱 강력하게 추진됨.

◦ 건전한 중산계급의 육성이 장기적 성장잠재력 제고에 필수적이라는 인식하에 서 중소기업 보호육성에 관한 의무를 헌법에 규정하고(1982), 다양한 보호육성 정책을 시행함.

󰠏 1990년대 이후 중소기업의 자생적이고 독립적인 발전을 위한 정책 필요성이 높 아지면서 정책기조가 보호육성에서 경쟁력 제고로 전환됨.

◦ 경제 전반에 걸쳐 자율화와 개방화가 이루어지면서 전반적인 경제정책 기조 도 산업경쟁력 강화로 방향 전환함.

◦ 최근 마련된 중소기업기본법의 전부 개정법률안(2010)은 선택과 집중 원칙과 정책적 효율성을 강조함으로써 변화하는 중소기업 정책기조의 제도적 기반을 구축하는 계기가 될 것으로 기대됨.

󰠏 중소기업 지원제도의 법적 근거는 헌법 제9장에서, 중소기업 조세지원에 대한

법적 근거는 중소기업기본법 제19조에서 찾을 수 있음.

◦ 우리나라는 헌법 제119조에서 경제상의 자유와 창의를 존중하되 경제의 민주 화를 위한 정부의 규제와 조정 의무를 규정하고 있음.

◦ 이를 바탕으로 제123조에서 농어업 관련 보호육성과 함께 중소기업 보호육성 을 국가의 의무로 지정함.

◦ 국제적으로 중소기업에 대한 정부의 의무를 규정하고 있는 예로써 EU 헌법 을 들 수 있음.

◦ 그러나 우리 헌법 제119조와 달리 산업정책이 개방과 경쟁하에 이루어져야 함(in accordance with a system of open and competitive markets)을 전제조건으로 적시하고 있으며, 우리 헌법 123조에서와 같은 보호조항을 두고 있지 않음.

3. 조세특례제한법의 성격과 구조

□ 조특법은 조세지출제도의 대표적인 형태이며, 산업정책의 유용한 도구로 활용되 고 있음.

󰠏 조세지출은 직접적인 정부지출의 형태인 세출예산에 대응하는 개념으로 숨겨져 있는 재정지출의 성격을 지님.

◦ 조세지출은 법률에 의해 이루어지므로 예산지출과 같은 직접적 정부지출에 비해 정책 입안자의 자의적인 의사결정이 개입할 여지가 없음.

◦ 또한 법률에 의해 수혜자가 명확히 규정되므로 산업정책의 선택과 집중이 보 다 명확히 이루어질 수 있으며, 예산지출과 대체 가능하다는 특징이 있음.

󰠏 조세지출제도는 행정적 편의성 등의 이점이 있으나 세법의 복잡화, 비효율성, 공정성 등 문제점을 지니고 있음.

◦ 조세지출제도는 정책효과의 추정이 어렵고 세법구조를 지나치게 복잡하게 만 들 우려가 있으며, 비효율성과 공정성도 조세지출제도의 단점으로 지적되고

있음.

◦ 또한 조세지출은 일반적 세율인하와 달리 국가재정에 부정적 영향을 미치는 것으로 알려져 있음.

󰠏 조세특례제한법은 조세지출의 대표적인 형태로서 산업정책의 중요한 수단으로 활용되고 있음.

◦ 다양하게 전개되고 있는 중소기업 육성 지원책 중 조세지원제도가 가장 활발 하게 이용되고 있음.

◦ 이는 직접보조금이나 직접적 정부지원에 비해 조세지출을 통한 특정산업 지 원이 보다 중립적이며 행정적 편의성이 높기 때문임.

□ 조특법은 중소기업 지원, 외국인투자, 금융중심지 조성 등 다양한 분야에 걸친 조세특례 조항들을 담고 있음.

󰠏 법의 목적 및 용어의 정의, 조세특례의 제한 등을 규정한 총칙을 포함하여 모두 7개의 장과 146개의 조문으로 구성되어 있음.

◦ 이 중 제2장 직접세 부문은 중소기업 지원, 연구 및 인력개발 지원, 투자촉진, 고용지원, 기업구조조정 등의 분야에 걸쳐 100개의 조항을 담고 있으며, 조세 지원 정책의 핵심을 이루고 있음.

󰠏 조세특례는 직접세 부문과 간접세 부문으로 양분할 수 있음.

◦ 직접세 부문은 다시 직접감면과 간접감면으로 나뉨.

◦ 직접감면은 세부담을 영구적으로 감소시켜 주는 제도이며, 지원효과가 직접 적이고 최종적이어서 상대적으로 지원효과가 크고 절차가 간편하지만 이로 인한 세수 감소가 크다는 단점이 있음.

◦ 간접감면은 일정기간 과세를 연기하여 세부담을 감소시켜 주는 제도로서 세 부담의 형평성을 제고한다는 장점이 있으나 절차가 복잡하고 장기간에 걸쳐

이루어지므로 납세자의 행정부담이 크다는 단점이 있음.

◦ 간접세 부문은 매출세액에서 영세율 및 면세를 적용하여 세부담을 경감시켜 주는 제도가 있음.

󰠏 우리나라는 조세지출제도와 관련한 부작용을 최소화하기 위해 일몰제도 등을 도입하고 있음.

◦ 우리나라의 경우 조세지출예산제도가 마련되어 있으나 시행에 관련한 예산제 약은 없음.

◦ 우리나라 조세지출제도는 5년의 일몰기간이 있으며, 다른 OECD 주요국에 비 해 일몰제가 상대적으로 잘 활용되고 있는 편으로 평가됨.

□ 1998년 이후 조세지출의 분야별 추이

󰠏 1998~2008년 기간 중 조세지출 총액은 약 7조7천억 원에서 28조5천억 원으로 4배가량 증가하였음.

◦ 같은 기간 중소기업 지원 관련 조세지출 총액은 2,860억 원에서 3조3,027억 원으로 10배가 넘는 빠른 증가세를 보임.

◦ 이에 따라 중소기업 지원이 전체 조세지출에서 차지하는 비중은 3.7%에서 11.6%로 확대됨.

󰠏 조세지출이 빠른 속도로 증가하면서 2001년 이후 8개 연도 중 5개 연도에서 국 세감면율이 국가재정법에서 정한 국세감면율 한도를 초과함.

◦ 국가재정법은 제88조 제1항에서 국세감면율을 일정수준 이하로 제한할 것을 규정하고 있으나, 단지 국세감면율 준수를 위해 노력하여야 한다고 되어 있어 법적인 구속력은 없음.

◦ 그 결과, 국세감면율을 준수하지 않는 경우가 많으며, 이에 따라 과도한 조세 지출이 국가재정 건전성을 저해할 우려가 제기되고 있음.

□ 조특법은 10개 분야에 걸쳐 39개의 중소기업 조세지원 제도를 시행 중임.

󰠏 11개 분야는 창업, 사업, 투자, 연구 및 인력개발, 고용지원, 상생협력, 기업구조 조정, 지역 간 균형발전, 공익사업, 증여, 간접세 등임.

◦ 본고에서는 중소기업에만 적용되는 지원제도를 중심으로 검토하며, 임시투자 세액공제 등 기업 전반에 대한 지원제도는 포함하지 않음.

◦ 창업 분야는 창업(벤처) 중소기업 등에 대한 세액감면(제6조)을 포함한 7개 조 항이 있으며, 사업 분야는 중소기업에 대한 특별세액 감면(제7조) 외에 1개 조 항, 대․중소기업 상생협력 분야는 중소기업 지원설비에 대한 손금산입의 특 례(제8조)를 포함한 3개 조항, 투자 분야는 중소기업 투자세액 공제(제5조 제1항) 을 포함한 4개 조항, 연구 및 인력개발 분야는 연구 및 인력개발비에 대한 세 액공제(제10조)를 포함한 2개 조항, 고용지원 분야는 장기 미취업자의 중소기 업 취업에 대한 과세특례(제30조)를 포함한 5개 조항, 기업구조조정 분야는 창 업자금에 대한 증여세 과세특례(제30조의5)를 포함한 8개 조항 등이 있으며,

◦ 이 외에 지역 간 균형발전 분야, 공익사업 분야, 상속세 분야, 간접세 분야 등 에서 총 8개 조항이 있는 것으로 파악됨.

󰠏 단, 조특법 제130조에 의하여 일부 조세감면이 배제될 수 있으며, 39개의 지원 제도 중 35개 조항이 일몰조항을 가지고 있는 것으로 파악됨.

◦ 조특법 제130조(수도권 과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제)에 따르면 중소 기업이 수도권 과밀억제권역에 소재할 경우 일부 감면조항의 적용을 받지 못 함.

◦ 등록세, 취득세, 재산세 면제 등의 지방세 관련 지원제도와 소기업․소상공인 공제부금에 의한 소득공제는 일몰시기가 적시되어 있지 않음.

4. 조세특례제한법의 평가와 개선방향

□ 조세지원이 중소기업 체질 개선으로 이루어지지 않는 이유

󰠏 중소기업 지원이 성장기업 중심으로 이루어지지 않아 정책의 효율성이 떨어지 고 있음.

◦ 1990년대 이후 경쟁을 바탕으로 한 중소기업의 혁신능력 제고로 정책방향이 전환되었으나, 실질적으로는 여전히 지원행태가 온정주의로 흐르고 있음.

◦ 엄정한 성과평가가 수반되지 않는 조세지원의 남발은 퇴출되어야 할 한계기 업의 수명만 늘려주는 부작용을 야기하고 있음.

◦ 이들 기업에 대한 지원이 그 효율성이나 성과에 대한 엄정한 평가 없이 이루 어지고 있어 지원 확대가 오히려 한계기업 비중의 확대로 이어지는 모순적인 현상이 발생하고 있음.

󰠏 조특법 등의 조세지원이 중소기업 집단의 지속적 발전으로 이어지지 않는 또 다른 이유는 기업들의 지원책에 대한 이해가 부족하기 때문

◦ 조세지원제도를 전혀 활용하지 못하고 있거나 부진한 기업도 2007년 기준으 로 26.5%를 기록하고 있음.

◦ 제도의 복잡함과 제도 활용에 수반되는 행정비용의 과다 등은 조세지원제도 의 접근성을 낮추는 요인으로 작용함.

◦ 특히 영세화와 관련하여 상대적으로 규모가 작은 중소기업들은 제도 활용에 필요한 비용이나 전문성이 부족하여 조세지원제도의 사각지대에 방치될 가능 성이 높음.

󰠏 지원제도의 이분법적 구조도 중소기업 지속성장의 걸림돌로 작용함.

◦ 중소기업 졸업과 함께 최저한세율 증가, 연구 및 인력개발 세액공제 축소, 상 속세 할증률 증가 등 상대적으로 활용도가 높은 조세혜택들이 크게 축소됨.

◦ 정부는 중소기업을 졸업하더라도 이후 3년간 중소기업 처우를 해주는 유예제 도를 마련해 놓고 있으나 이는 조세환경 변화를 단지 3년 늦춰주는 것에 지나 지 않음.

◦ 중소기업 졸업이 초래하는 조세환경의 급격한 변화와 이로 인한 조세부담률 급증은 중소기업의 성장의지를 꺾는 요인으로 작용함.

◦ 현행 조세지원제도의 문제점을 인식한 정부는 최근 중견기업 육성대책을 발 표했으나(2010. 3. 18), 피상적인 수준의 변화에 그쳐 그 실효성은 의문시됨.

□ 개선방향

󰠏 조세지원제도 개선의 기본방향

◦ 첫째, 집중과 선택의 원칙을 바탕으로 중소기업의 지속적인 성장이 지속될 수 있도록 함.

◦ 둘째, 실효성 없는 지원제도의 폐지와 관련제도의 전반적 개편을 통한 단순화 로 제도의 접근성을 제고할 필요가 있음.

󰠏 중견기업 제도의 도입을 통한 현행 이분법적 중소기업 조세지원제도의 개선이 필요함.

◦ 중견기업 제도를 도입하여 기업성장에 따른 세부담 급증을 방지함으로써 중 소기업의 성장의욕을 고취시키는 것이 더욱 바람직할 것임.

◦ 조세지원제도를 규모보다는 업종별로 세분화하여 성장잠재력이 높은 부문을 집중적으로 지원하도록 해야 함.

◦ 경영안정과 같은 보호 성격이 강한 지원은 영세소기업에 한해 제한적으로 실 시해야 하며, 지원과 성과를 연계하여 도덕적 해이가 발생하지 않도록 해야 함.

󰠏 투자 관련 조세지원과 함께 구조조정 관련 지원을 확충하여 중소기업 전반의 성

장잠재력과 체질을 강화해야 함.

◦ 기술혁신 관련 투자에 대한 세제혜택을 집중적으로 확대하고 이를 중견기업 에까지 확대 적용하여 이들 기업의 기술경쟁력을 높이는 방향으로 조세지원 제도를 개선할 필요가 있음.

◦ 이러한 제도의 적용 범위와 지원규모를 확대하는 한편, 보호적 성격이 강한 지원제도의 축소를 통해 중소기업의 자생적 경쟁력 강화 노력을 활성화하여 야 함.

◦ 성장기업에 대한 집중 지원과 병행하여 한계기업의 퇴출 내지 구조조정이 원 활히 이루어질 수 있도록 관련 제도의 재정비가 필요함.

◦ 구조조정 관련 지원규모를 크게 확대하는 한편 구조조정을 통해 달성해야 하 는 경영지표 개선 목표를 적시하여 지원과 성과의 연계성을 강화해야 함.

󰠏 조세지원제도의 간편화를 통해 중소기업의 접근성을 높이고 정책효과를 중심으 로 제도를 재정비하여 정책적 효율성을 제고해야 함.

◦ 조특법뿐만 아니라 조세지원제도 전반에 걸친 체계적인 정비를 통해 관련 제 도에 대한 중소기업의 접근성을 높여야 함.

◦ 현행 제도상의 지원업종을 네거티브 시스템으로 전환하여 중소기업이 알기 쉽게 정비할 필요가 있음.

◦ 일몰시기가 도래한 조항에 대해 엄정하고 객관적인 평가가 필요하며, 이를 통 해 실효성 없는 조항들을 폐지해야 함.

◦ ‘조세감면 평가서’와 관련 통계를 재정지출 관련 통계와 같은 수준으로 외부에 공개하여 제3자에 의한 객관적인 평가가 가능하도록 해야 하며, 실효성이나 활용도가 떨어지는 조항들은 축소 내지 폐지토록 하여야 함.

◦ 국제금융위기 이후 도입된 고용지원 제도 중 ‘고용유지 중소기업 등에 대한 과세특례’(제30조의3), ‘고용증대 세액공제’(제30조의4) 등 중소기업의 육성발전 보다는 경기보완 성격이 강한 조항들에 대해 일몰조항을 엄격히 적용해야 함.

◦ 앞에서 언급된 기술혁신 관련 세제지원과 같이 중소기업의 활용도가 높고 기 술경쟁력 제고와도 직접적으로 연결되는 제도는 조특법을 통한 한시적이고 부분적인 세액감면보다는 영구적이고 전반적인 세율인하가 필요함.

조세특례제한법상에서의 중소기업 지원제도와 개선방향

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제1장 연구배경 및 목적 제2장 중소기업 지원제도의 배경 제3장 조세특례제한법의 성격과 구조 제4장 조세특례제한법의 평가와 개선방향

제１장

연구배경 및 목적

□ 중소기업은 우리 경제의 생산 및 고용 등에서 핵심적 역할을 수행

󰠏 1960년대 이후 전체 생산과 부가가치 측면에서 중소기업이 차지하는 비중이 지 속적으로 증가하고 있음.

◦ 생산액 비중: 26.5%(1960년대) → 45.7%(1980년대) → 53.8%(2000년대)

◦ 부가가치 비중: 25.7%(1960년대) → 47.7%(1980년대) → 54.4%(2000년대)

◦ 특히 1980년대를 기점으로 중소기업의 경제적 비중이 크게 확대됨.

󰠏 특히 중소기업은 고용의 대부분을 차지하고 있어 국민경제에 미치는 영향이 지 대함.

◦ 속칭 ‘9988’로 대변되는 중소기업의 사업체 및 고용 비중은 1990년대 초 이 후 지속적인 증가추세를 보임.

◦ 특히 중소기업의 고용비중이 상대적으로 빠르게 증가함.

◦ 사업체 비중: 99.05%(1995) → 99.25%(2000) → 99.44%(2005) → 99.45%(2008)

◦ 고용 비중: 68.91%(1995) → 74.0%(2000) → 76.22%(2005) → 76.35%(2008)

󰠏 국제적으로도 경제활력 증진 측면에서 중소기업의 중요성이 강조되면서 중소기 업 집단이 차지하는 경제적 비중이 더욱 확대되어 왔음.

◦ 세계적으로 중소기업이 차지하는 경제적 비중은 기업의 95% 이상, 고용의 70% 이상을 차지하고 있으며, 고용창출의 중요한 원천으로 작용함.¹⁾

◦ 이러한 측면에서 볼 때, 국내 제조업 부문에서의 중소기업 비중 확대는 세계 적 추세에 부합함.

□ 이에 따라 중소기업의 육성발전을 목적으로 각종 지원책이 시행 중이나 중소기 업의 정체현상은 해소될 조짐이 보이지 않고 있음.

󰠏 현재 1,000여 개에 달하는 중소기업 지원책이 다양한 분야에서 이루어지고 있 음(<부표 1> 참조).

◦ 중소기업기본법 등 총 13개의 법령에 근거하여 각종 지원이 이루어지고 있음.

◦ 2007년 기준으로 중앙부처, 지자체, 유관기관의 총 185개 기관에서 총 1,361 건의 사업에 약 19조 원을 투입했으며, 2008년 정책자금, 신용보증, 기술보 증을 통해 50조 원의 지원이 이루어짐.

◦ 전문인력의 원활한 도입을 위한 해외기술인력제도, 판로지원을 위한 중소기 업 공동상표 지원제도, 정보화 촉진을 위한 생산설비 정보화 지원사업 등 다 각적인 측면에서 중소기업 지원이 이루어지고 있음.

󰠏 중소기업 지원시책이 활발히 진행되면서 중소기업 관련 예산이 크게 확대됨(<표 1> 참조).

◦ 중소기업 지원을 목적으로 한 중기청 소관 예산 규모는 1996년 2조4천억 원 에서 2009년 11조9천억 원으로 크게 증가하였음.

◦ 정부재원 비중 측면에서는 외환위기를 전후하여 4.8%까지 상승했다가 이후 완만한 하락세를 보였고, 2009년 국제금융위기의 여파로 다시 4% 수준까지 상승하였음.

◦ 또한 모든 행정부처의 중소기업 지원관련 예산은 2006년 약 7조2천억 원에

1) OECD, SME and Entrepreneurial Outlook, 2005.

서 3년 만에 14조 원으로 두 배로 증가하였음.

󰠏 동시에 중소기업 지원을 위한 조세지출도 점차 확대되고 있음.

◦ 국세청 통계에 따르면 중소기업 지원목적의 조세지출은 1998년 2,860억 원 에서 2008년 3조3천억 원으로 크게 확대됨.

◦ 중소기업 지원 조세지출의 국세수입 총액 대비 비중은 1998년 3.7%에서 지 속적으로 확대되어 2002년 12.6%에 달함.

◦ 이후 비중이 점차로 축소되다가 2006년부터 다시 점차 확대되어 2008년 11.6%를 기록함.

󰠏 이 같은 정부의 적극적인 지원책에도 불구하고 중소기업 집단의 정체현상은 해 결되지 않고 있음.

◦ 2000년대 이후 중소기업의 기술혁신 노력은 대기업을 기준으로 40% 수준에 지나지 않으며,

◦ 노동생산성 측면에서도 2000년대 이후 대기업의 40% 수준을 벗어나지 못하 고 있음.²⁾

□ 본 연구는 조세특례제한법상의 현행 중소기업 조세지원제도의 검토를 통해 정책 의 효율성 제고를 위한 정책대안을 제시하고자 함.

󰠏 중소기업 지원책 가운데 조세지원, 특히 조세특례제한법을 통한 조세지원이 가 장 활발히 이용되고 있음.

◦ 조세지원의 대부분이 조세특례제한법에 담겨 있으며, 소득세법, 법인세법, 지방세법 등을 통해서도 부분적으로 반영되어 있음.

◦ 중소기업 설문조사 등을 통해 볼 때 조세특례제한법상의 조세지원이 중소기 업의 경영여건에 가장 큰 영향을 미치고 있음.

2) 김필헌(2009)

<표 1> 1996~2009년 정부재정 대비 중기청 소관 예산․기금 비중

(단위: 조 원, 억 원, %) 구 분 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 정부재원(조 원)(A) 84.4 100.3 115.4 121 129.3 136.7 136 164.3 중기청 소관(억 원)(B) 24,135 28,784 48,120 57,782 44,699 46,715 51,745 59,009 비중(B/A) 2.8 2.9 4.2 4.8 3.5 3.4 3.8 3.6 󰠏 예산(억 원) 5,998 7,806 15,100 18,125 10,494 12,534 12,730 14,893 󰠏 기금(억 원) 18,167 20,978 33,020 39,657 34,205 34,181 39,015 44,116

구 분 2004 2005 2006 2007 2008 2009 연평균

정부재원(조 원)(A) 173.5 208.7 224.1 238.4 262.8 301.8 171.2 중기청 소관(억 원)(B) 60,973 60,884 59,117 54,847 55,556 119,256 55,118.0

비중(B/A) 3.5 2.9 2.6 2.3 2.1 4.0 󰠏 󰠏 예산(억 원) 18,755 15,414 18,917 14,738 15,394 48,908 16,414.7 󰠏 기금(억 원) 42,218 45,470 40,200 40,109 40,162 70,348 38,703.3 전 부처 중기지원

예산(억 원)(C) 72,782 69,670 76,042 140,444

비중(C/A) 3.2 2.9 2.9 4.7

주: 총지출 기준(내부거래 및 보전지출 제외), 추경 포함. 1996~2004 정부재정은 기획재정부 통합재정수지 통계를 사용 1996~2009 기금은 지출합계에서 차입원리금 상환 등을 감한 액수: 해당기간 공자지금 예수원리금 상환, 통화금융기관 예치, 기타 민간차입원금 상환 데이터 미확보

내부거래: 회계기금 간 거래, 회계 간 거래, 계정 간 거래가 포함되며, 중소기업청의 경우 예산에서는 기금전출금, 기금에서는 공자기금 예수원금 상환, 예수이자 상환이 해당됨.

보전거래는 여유자금 운용, 차입금원금 상환 등이 해당되며, 중소기업청은 기금사업에서 통화금융기관예치, 기타 민간차입원금 상환이 해당됨.

자료: 기획재정부, 중소기업청

제２장

중소기업 지원제도의 배경

□ 우리나라의 중소기업 정책은 태생적으로 보호육성 및 소극적 개발의 성격을 띠 고 있음.³⁾

󰠏 중소기업 정책의 시발점이라 할 수 있는 제1차 경제개발 5개년계획(1962~1966) 에서 중소기업을 초기에 동업조합조직을 통해 발전시키고 점차 대기업의 성장 과 더불어 하청공업제도를 육성하는 것이 중소기업 정책의 목표라고 적시함.

◦ 이를 기반으로 1961년 중소기업협동조합법이 제정되었고, 1965년에는 중소 기업의 업종별 우선 육성순위에 의한 중소기업 육성시책이 수립됨.

◦ 이후 1966년 중소기업기본법이 마련되면서 중소기업정책의 체계적인 정비 와 함께 제도적 여건이 조성됨.

◦ 여기에 추가적으로 취약한 중소기업의 신용을 보완하기 위해 중소기업신용 보증법이 마련됨(1967).

󰠏 중소기업기본법 제정은 종합적 중소기업 근대화정책 전개의 계기를 마련했다고 평가할 수 있으나, 시행령의 미비로 정책적 효과는 크지 않음.

◦ 중소기업 구조의 고도화 정책 경영관리의 합리화, 기술의 향상, 품질 향상, 시설의 근대화, 중소기업의 단지화 등을 통해 중소기업의 경쟁력 제고를 위 3) 우리나라의 중소기업 정책에 대한 자세한 설명은 이경의(2006)를 참조

한 정책기반을 구축함.

◦ 동시에 낙후되어 있던 당시 산업구조를 반영하여 기업 규모의 적정화, 전문 화 및 계열화 시책, 사업활동의 불이익 시정정책 과당정책의 방지, 도급거래 의 적정화, 중소기업의 사업 분야의 확보, 정부 수주기회의 확보, 수입품의 조정 등을 통해 중소기업 보호정책을 도입함.

◦ 그러나 법 시행에 필수적인 시행령이 마련되지 않아 실제적으로는 정책효과 가 뚜렷이 나타나지 않음.

󰠏 1970년대 이후 기업 간 또는 산업 간 심화된 격차 해소와 내수산업의 육성에 대 한 중요성이 부각되기 시작함.

◦ 중소기업의 체질강화를 통한 고도성장 과정에서 나타난 대․중소기업 간 격 차 해소방안의 일환으로 기존의 중소기업 육성체계를 재정비함.

◦ 구체적으로는 업종별 중소기업 육성정책의 강화, 신용보증기금의 설치(1974), 신용보증기구 설립(1976), 중소기업계열화촉진법(1976) 제정을 통한 중소기업 계열화의 제도적 추진 등이 있음.⁴⁾

□ 1970년대 후반 이후 국제환경의 급변과 중산층 지원 측면에서 중소기업의 역할 이 강조되면서 중소기업 보호육성 정책들이 강력하게 추진됨.

󰠏 1970년대 후반 석유파동 등으로 중소기업의 경영여건이 크게 악화되자 국제환 경 변화에 대한 중소기업의 적응력 향상을 목적으로 다양한 정책들이 전개됨.

◦ 구체적으로는 1978년 중소기업진흥법의 제정과 중소기업기본법 등 중소기 업관계법의 대폭적 보완․개정 및 중소기업진흥공단(1979)의 설립을 들 수 있음.

4) 중소기업 계열화 시책은 1960년대부터 대기업에 의존하는 하청업체로서의 중소기업의 이익을 보호하기 위하여 도급대금의 결제지연 방지 등의 다양한 형태로 이루어져 왔다. 중소기업계열 화촉진법은 기존의 이러한 시책들을 하나로 모아 법제화했다는 데 의미가 있다.

◦ 이 외에도 중소기업의 자금조달 원활화를 위해 중소기업은행의 자본금 확대 및 기능 강화, 민간금융권의 중소기업 의무대출 비율의 확대 등의 지원책이 펼쳐짐.

◦ 또한 1978년에는 중소기업기본법의 시행령이라 할 수 있는 중소기업진흥법 이 제정되어 진정한 의미에서의 제도적인 중소기업 보호육성 정책이 추진되 기 시작함.

󰠏 1980년대에는 민주화 바람과 함께 중산계급으로서의 중소기업 보호의 필요성 이 제기되면서 보호육성 정책들이 더욱 강력하게 추진됨.

◦ 그간 추진되어 온 중화학공업 육성 정책의 결과, 산업구조가 규모의 경제를 달성한 대기업 중심으로 더욱 심화되었고, 중소기업은 내수 소비재 생산과 대기업과의 하도급 구조를 통한 보완적 역할을 담당하게 됨.

◦ 여기에 민주화 운동의 영향으로 중산층에 대한 관심이 높아지게 됨.

◦ 건전한 중산계급의 육성이 장기적 성장잠재력 제고에 필수적이라는 인식하 에서 중소기업 보호육성에 관한 의무를 헌법에 규정하고(1982), 다양한 보호 육성 정책을 시행함.

◦ 구체적으로는 1981년 중소기업진흥장기계획(1982~1991) 수립되었고, 중소기 업 경영안정과 사업영역 보호를 위한 중소기업제품구매촉진법(1982), 중소기 업 고유업종의 본격적 실시(1982), 유망중소기업제도(1983), 하도급거래공정화 에관한법률(1984), 중소기업우선육성업종제도(1985) 등이 있음.

□ 1990년대 이후 중소기업의 자생적이고 독립적인 발전을 위한 정책 필요성이 높 아지면서 정책기조가 보호육성에서 경쟁력 제고로 전환됨.

󰠏 1990년대 이후 중소기업 집단의 경쟁력 강화 필요성이 높아지면서 중소기업의 혁신역랑 제고에 정책적 관심이 쏠림.

◦ 경제 전반에 걸쳐 자율화와 개방화가 이루어지면서 전반적인 경제정책 기조

도 산업경쟁력 강화로 방향 전환함.

◦ 동시에 세계화의 진전과 함께 국제분업 체계가 심화되면서 국내 중소기업이 해외 중소기업과 직접 경쟁해야 하는 시대가 도래함.

◦ 이에 따라 중소기업 정책도 자율과 경쟁을 통한 경쟁력 강화로 전환됨.

◦ 그 결과, 2004년 중소기업 경쟁력강화 종합대책이 수립되었고, 중소기업 고 유업종제도와 단체수의계약제도의 폐지가 결정됨.

󰠏 최근 마련된 중소기업기본법의 전부 개정법률안(2010)은 선택과 집중 원칙과 정 책적 효율성을 강조함으로써 변화하는 중소기업 정책기조의 제도적 기반을 구 축하는 계기가 됨.⁵⁾

◦ 이번 법안은 1995년 전면 개정 이후 15년 만에 나온 것으로서 이번 정부의 새로운 정책방향을 제시하고 있음.

◦ 핵심내용으로는 중소기업 정책이념의 정립, 글로벌 시대의 새로운 중소기업 정책방향 제시, 효율적 정책수립 및 집행체계 마련 등이 있음.

◦ 특히 선택과 집중에 의한 중소기업 육성의 원칙을 제시하고 있고, 시책의 효 율성 제고방안 도입, 실태조사, 시책의 평가 및 보고 등을 통하여 중소기업 정책의 효율성을 높이고자 했다는 데서 의의가 있음.

◦ 또한 중앙정부뿐만 아니라 시도 단위에서도 중장기적 중소기업 육성계획을 수립토록 하여 지역 특성에 맞는 체계적이고 종합적인 정책수립이 가능토록 함.

□ 중소기업 지원제도의 법적 근거는 헌법 제9장에서, 중소기업 조세지원에 대한 법 적 근거는 중소기업기본법 제19조에서 찾을 수 있음.

󰠏 우리나라는 헌법 제9장을 통해 국가의 중소기업 지원 의무를 규정하고 있음.

◦ 헌법 제9장은 총 9개 조항으로 이루어져 있으며 경제 전반에 걸친 법원칙들

5) 중소기업청 보도자료, 2010. 7. 13.

을 천명하고 있음.

◦ 이들 조항 중 제119조에서 경제상의 자유와 창의를 존중하되 경제의 민주화 를 위한 정부의 규제와 조정 의무를 규정하고 있음.

* 제119조 ①대한민국의 경제질서는 개인과 기업의 경제상의 자유와 창의를 존중함을 기본으로 한다. ②국가는 균형 있는 국민경제의 성장 및 안정과 적정한 소득의 분배를 유지하고, 시장의 지배와 경제력의 남용을 방지하며, 경제주체 간의 조화를 통한 경제의 민주화를 위하여 경제에 관한 규제와 조정을 할 수 있다.

◦ 이를 바탕으로 제123조에서 농어업 관련 보호육성과 함께 중소기업 보호․

육성을 국가의 의무로 지정함.

* 제123조 ③국가는 중소기업을 보호․육성하여야 한다. ⑤국가는 농․어민 과 중소기업의 자조조직을 육성하여야 하며, 그 자율적 활동과 발전을 보장 한다.

󰠏 중소기업 지원제도 중 조세지원의 법적 근거는 중소기업기본법에서 찾을 수 있 음.

◦ 중소기업기본법 제19조 제2항은 정부가 세제를 통해 중소기업을 지원할 수 있도록 규정하고 있음.

* 제19조 ②정부는 중소기업 시책을 효율적으로 실시하기 위하여 조세에 관 한 법률에서 정하는 바에 따라 세제상의 지원을 할 수 있다.

󰠏 국제적으로 중소기업에 대한 정부의 의무를 규정하고 있는 예로써 EU 헌법을 들 수 있음.

◦ EU 헌법 section 2, Article III-279는 중소기업 양성과 발전을 위한 환경조 성에 대한 정부의 의무를 규정하고 있음.⁶⁾

* 1. The Union and the Member States shall ensure that the conditions

6) http://www.unizar.es/euroconstitucion/library/constitution_29.10.04/part_III_EN.pdf

necessary for the competitiveness of the Union's industry exist. For that purpose, in accordance with a system of open and competitive markets, their action shall be aimed at: (a) speeding up the adjustment of industry to structural changes; (b) encouraging an environment favourable to initiative and to the development of undertakings throughout the Union, particularly small and medium- sized undertakings; (c) encouraging an environment favourable to cooperation between undertakings; (d) fostering better exploitation of the industrial potential of policies of innovation, research and technological development.

◦ 그러나 우리 헌법 제119조와 달리 산업정책이 개방과 경쟁하에 이루어져야 함(in accordance with a system of open and competitive markets)을 전제조건으로 적시하고 있으며, 우리 헌법 123조에서와 같은 보호조항을 두고 있지 않음.

제３장

조세특례제한법의 성격과 구조

1. 조세특례제한법(이하 조특법)의 성격

□ 조특법은 조세지출제도의 대표적인 형태

󰠏 조세지출은 직접적인 정부지출의 형태인 세출예산에 대응하는 개념으로 세부담 면제, 공제, 감면 등을 통한 조세보조금이라 할 수 있으며 숨겨져 있는 재정지 출의 성격을 지님.

◦ 조세지출은 조세의 정상적인 과세체계에서 벗어난 특례규정에 의하여 납세 자의 세부담을 경감시킴으로써 발생하는 국가세입의 감소로 정의됨.⁷⁾

◦ 이와 관련하여 OECD는 조세지출을 직접지출보다는 조세의무의 감면을 통 한 공공자원의 이전으로 정의하고 있음.⁸⁾

󰠏 조세지출은 세계적으로 정부정책의 수단으로 널리 활용되고 있으며, 우리나라 의 경우 조세지출의 대표적 형태로 조특법이 있음.

◦ 조세지출은 법률에 의해 이루어지므로 예산지출과 같은 직접적 정부지출에 비해 정책 입안자의 자의적인 의사결정이 개입할 여지가 없음.

7) 재정경제부(현 기획재정부), ｢조세지출 보고서｣, 보도자료, 2000.

8) OECD, Tax Expenditures in OECD Countries, 2010, p.14.

◦ 또한 법률에 의해 수혜자가 명확히 규정되므로 산업정책의 선택과 집중이 보 다 명확히 이루어질 수 있으며,

◦ 예산지출과 대체가능하다는 특징이 있음.

◦ 특정산업을 지원할 때 보조금을 주는 것보다 조세특례를 통해 조세지원을 하 는 것이 더욱 용이함.

◦ 이러한 이유로 조세지출은 전 세계적으로 광범위하게 유용한 정책수단으로 활용되고 있음.⁹⁾

□ 조세지출제도는 행정적 편의성 등의 이점이 있으나 세법의 복잡화, 비효율성, 공 정성 등 문제점을 지니고 있음.

󰠏 반면 조세지출제도는 정책효과의 추정이 어렵고 세법구조를 지나치게 복잡하게 만들 우려가 있음.

◦ 정부지출이 투자나 소비와 같은 경제주체의 행위에 직접적으로 영향을 미치 는 데 반해

◦ 조세지출은 세율 인하 및 감면 등의 인센티브 구조변화를 통해 행위 변화를 유도하여 원하는 정책목적을 달성하고자 하는 것이므로 직접지출에 비해 정 책효과를 추정해 내기 어려움.

◦ 또한 기존의 조세제도를 과도하게 복잡하게 만들어 납세자의 부담을 가중시 키는 부작용을 초래할 수 있음.

󰠏 더불어 비효율성과 공정성도 조세지출제도의 단점으로 지적되고 있음.

◦ 조세지출에 대한 결정은 정치적 고려로 결정되는 경우가 많아 불투명성이 수 반되며 때로는 정경유착의 수단으로 전락할 될 가능성이 있음.

◦ 여기에 정부지출 프로그램과 달리 엄밀한 타당성 검토와 폐지가 어려워 예산 과 조세제도의 효율적 운용을 저해할 수 있으며, 이면경로를 통한 자원분배

9) OECD(2010), Tax Expenditures in OECD Countries, p.14.

는 자칫 비효율적인 정부 ‘지출’로 이어질 수 있음.

◦ 조세지출 수혜자 결정과 관련된 정치적 불투명성으로 공정성 문제가 제기될 가능성도 있음.¹⁰⁾

󰠏 마지막으로 조세지출은 일반적 세율인하와 달리 국가재정에 부정적 영향을 미침.

◦ 일반적으로 세율인하는 경기활성화를 통해 세수증대의 효과를 보일 수 있으 나, 조세지출은 항상 세수에 부정적인 영향을 미침.¹¹⁾

◦ 따라서 조세지출이 확대될 경우 세수의 감소에 의해 재정건전성에 문제가 생 길 수 있음.

□ 우리 정부는 조세지출이 지닌 문제점들에도 불구하고 이를 고도성장 및 특정 산 업 육성의 중요한 정책수단으로 활용해 오고 있음.

󰠏 1960년대 경제개발계획 추진과 함께 조세감면규제법이 제정되면서 우리나라의 조세지출제도는 체계적인 모습을 갖춤.

◦ 조세특혜를 통해 특정 산업의 육성․발전을 도모하는 한편,

◦ 경제개발 촉진을 명목으로 조세지원이 남용될 가능성을 방지하기 위해 정부 는 1965년 12월 20일 ｢조세감면규제법｣을 제정하여 1966년 1월 1일부터 시 행함.

◦ 경제개발계획의 추진과 함께 조세유인의 중요성이 더욱 커졌지만 조세감면 혜택의 부여는 국고손실을 수반할 뿐 아니라 공평과세를 저해하기 때문에

◦ 국고 손실을 최소화하는 동시에 공평과세를 실현하기 위해 종래 각종 법률에 분산되어 있던 조세감면조항을 통합하여 체계적 운용을 가능토록 할 목적으 로 제정됨.

10) 조세지출제도의 이러한 특성 때문에 조세지출도 예산통제절차를 밟아야 한다는 주장이 꾸준 히 제기되고 있다.

11) OECD(2010), Tax Expenditures in OECD Countries, pp.25~31.

󰠏 조세감면규제법은 경제여건의 변화를 반영하여 수차례 개정을 거쳐 1998년 조 세특례제한법으로 전면 개정됨.

◦ 조세감면규제법은 1981년 전면 개정과 이후 수차례 일부 개정을 거쳐 1998 년 조세특례제한법으로 명칭이 변경되면서 다시 전면 개정됨.

◦ 새로 개정된 조특법은 기존의 조세감면규제법의 취지를 살려 ‘조세의 감면 또는 중과(重果) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공 평을 기하고, 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전 에 이바지’함을 목적으로 하고 있음.¹²⁾

◦ 조특법은 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율의 적용, 세액감면, 세액 공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정목적을 위한 익금 산입, 손금불산입 등의 중과세를 조세특례로 규정하고 있음.

◦ 조특법은 경제상황을 가장 민감하게 반영하는 세법으로 경제여건과 이에 따 른 정책수요의 변화에 따라 타 세법에 비해 개정 빈도가 월등히 높음.

◦ 법 제정 초기에는 수출산업, 중화학공업, 중소기업 등에 중점적으로 세제혜 택이 주어졌으나 1990년대 이후 기술경쟁력 강화와 혁신능력 제고를 위한 연구개발 및 인력양성 분야로의 정책 전환이 이루어지고 있음.

󰠏 조특법은 조세지출의 대표적인 형태로서 산업정책의 중요한 수단으로 활용되고 있음.

◦ 우리 경제의 근대화 과정에서 세법, 특히 조세특례제한법을 통한 조세지출이 산업육성을 위한 중요한 정책도구로 이용되어 왔음.¹³⁾

◦ 또한 다양하게 전개되고 있는 중소기업 육성 지원책 중 조세지원제도가 가장 활발하게 이용되고 있음.¹⁴⁾

◦ 이는 전술한 여러 조세지출 관련 부작용에도 불구하고 복잡한 승인 경로를

12) 조세특례제한법 제1조.

13) 이창희, 󰡔세법강의󰡕, 박영사, 2004, p.43.

14) 김인식, ｢중소기업 조세지원제도의 변천과정에 대한 연구｣, 󰡔세무회계연구󰡕 12권, 한국세무 회계학회, 2003, pp.31-54.

거쳐야 하는 직접보조금이나 직접적 정부지원에 비해 조세지출을 통한 특정 산업 지원이 보다 중립적이며 행정적 편의성이 높기 때문임.¹⁵⁾

◦ 조세지출은 소득세법, 법인세법 등 다른 세법을 통해서도 이루어지고 있으나 조특법에 의거한 조세지출이 가장 큰 비중을 차지함.

2. 조세특례제한법의 구조

□ 조특법은 중소기업 지원, 외국인투자, 금융중심지 조성 등 다양한 분야에 걸친 조세특례 조항들을 담고 있음.

󰠏 법의 목적 및 용어의 정의, 조세특례의 제한 등을 규정한 총칙을 포함하여 모두 7개의 장과 146개의 조문으로 구성되어 있음.

◦ 7개의 장은 총칙, 직접국세, 간접세, 지방세, 외국인투자 등에 대한 조세특례, 그 밖의 조세특례, 부칙으로 구성됨.

󰠏 이 중 직접세 부문을 다루고 있는 제2장이 조세지원 정책의 핵심이라 할 수 있음.

◦ 제2장 직접세 부문은 중소기업 지원, 연구 및 인력개발 지원, 투자촉진, 고용 지원, 기업구조조정 등의 분야에 걸쳐 100개의 조항을 담고 있으며, 조세지 원 정책의 핵심을 이루고 있음.

◦ 제3장 간접세 부문은 부가가치세와 같은 간접세 관련 특례조항을 담고 있으 며, 제4장 지방세부문은 취득세, 등록세 등에 대한 특례조항을 다루고 있음.

◦ 제5장은 외국인투자, 제주국제자유도시 육성, 기업도시 개발, 아시아문화중 심도시 지원, 금융중심지의 조성과 발전 등 우리 경제의 국제화 정책과 관련 된 조세지원 내용을 담고 있음.

15) 세제를 통한 산업정책 중 최근에 가장 논란이 되고 있는 것으로는 DTI와 같은 부동산 세제를 들 수 있다.

□ 조세특례는 직접세 부문과 간접세 부문으로 양분할 수 있음(<표 2> 참조).¹⁶⁾

󰠏 직접세 부문은 다시 직접감면과 간접감면으로 나뉨.

󰠏 직접감면은 세부담을 영구적으로 감소시켜 주는 제도이며, 대표적인 직접감면 방식으로 소득공제, 세액감면, 세액공제 등이 있음.

◦ 세액감면은 특정소득에 실효세율을 적용하여 산출된 세액에서 일정 부문을 공제하는 것이며, 세액공제는 특정한 요건을 충족한 납세의무자에 한해 일정 금액을 산출세액에서 공제해 주는 것을 의미하며,

◦ 중소기업과 관련하여 이 둘의 차이는 전자가 중소기업이란 자격요건만 갖추 면 적용되는 반면, 후자는 특정 경제활동, 즉 투자나 연구개발의 행위에 적용 되는 제도임.

󰠏 그 외에 저율분리과세를 통한 세액감면 내지 세액공제와 세부담을 지우지 않는 비과세제도가 있음.

◦ 저율분리과세는 원천징수대상소득 중 이자소득과 배당소득에 대해 정책적으 로 세부담을 경감시키고자 할 경우 저율분리과세하여 세부담을 경감시키는 제도를 말함.¹⁷⁾

◦ 직접감면은 지원효과가 직접적이고 최종적이어서 상대적으로 지원효과가 크 고 절차가 간편하나 이로 인한 세수감소가 크다는 단점이 있음.¹⁸⁾

󰠏 간접감면은 일정기간 과세를 연기하여 세부담을 감소시켜 주는 제도로서 준비 금, 이월과세 및 과세이연, 특별상각제도가 있음.

16) 참고로 OECD는 2010년 발행된 조세지출보고서(Tax Expenditures in OECD Countries)에 서 조세지출의 종류를 allowances, exemptions, rate relief, tax deferral, credits의 다섯 가 지 유형으로 분류하고 있다

17) 유은종(2009), p.427.

18) 이만우․노상환, ｢중소기업 조세지원지도의 실효성에 관한 연구｣, 󰡔중소기업연구󰡕 제24권 제 3호, 한국중소기업학회, 2002, pp.227-245.

◦ 준비금제도는 실제 발생한 비용은 아니지만 앞으로 발생할 특정 비용이나 손 실의 보전 또는 투자에 필요한 자금에 충당할 목적의 자금을 손금산입하도록 하여 세부담을 일정 기간 동안 유예시켜 주는 제도임.

◦ 또한 특정 자산과 관련된 양도차익에 대해 거치․분할 납부 내지 익금산입하 도록 하여 세부담을 경감시켜 주는 제도가 있음.

◦ 그 외 특정사업용 자산의 양도 시 발생하는 세부담을 감면해 주는 이월과세 와 과세이연 제도가 있음.

◦ 간접감면제도는 세부담의 형평성을 제고한다는 장점이 있으나 절차가 복잡 하고 장기간에 걸쳐 이루어지므로 납세자의 행정부담이 크다는 단점이 있음.

<표 2> 조세지원제도 지원방법별 비교

구 분

직접세 부문

간접세 부문

직접지원방법 간접지원방법

세액감면 소득공제 세액공제 준비금 이월과세 및

과세이연 특별상각

1. 의의

일정기간 동안 특정의 사업에 서 발생한 세 액의 일부 또 는 전부를 직 접적으로 감면

특정사업에서 발생한 소득 금액의 일정 률을 과세표 준에서 공제

투자금액의 일 정률에 상당하 는 금액을 납 부할 세액에서 공제

장래에 발생할 비용에 대비하 여 일정기준에 의하여 계산한 금액을 미리 비용으로 계상

과세를 이월 하고 과세이 연금에 면세

일반감가상각 비의 일정률에 상당하는 금액 을 추가하여 감가상각비를 인정

매 출 세 액 에서 영세 율 및 면세 적용

2. 성격 조세를 이용한 국고보조 과세이연에 의한 재정자금의 무이자융자 조세 이용 국고보조

3. 장점

효과가 직접적 이고 동시에 즉시적임

설 비 투 자 를 하지 않는 사 업에 대하여 도 지원 가능

투자 규모에 비례한 지원이 가능

투자자금의 자 체조달을 지원

기업의 자기금 융 기능을 강 화

세 액 계 산 절차가 단 순

4. 한계

수익률이 낮은 기업에는 지원 혜택이 없으며 소득의 계산이 복잡

설비투자를 통 하지 아니하는 경우에는 지원 혜택이 없음

일시에 환입하 도록 하는 경 우에는 조세부 담의 가중

세 부 담 의 형 평 성 의 문제 야기

자료: 기획재정부, 󰡔조세개요󰡕, 2008.

󰠏 간접세 부문은 매출세액에서 영세율 및 면세를 적용하여 세부담을 경감시켜 주 는 제도가 있음.

◦ 간접세 지원방식은 세액계산절차가 비교적 단순하여 사용자의 편의성이 높 은 장점이 있으나, 지원대상과 관련하여 형평성 문제가 제기될 수 있음.

3. 조세특례제한법의 운용현황

□ 우리나라는 조세지출제도와 관련한 부작용을 최소화하기 위해 일몰제도 등을 도 입하고 있음.

󰠏 조세감면규제법이 조특법으로 바뀌면서 일몰제도도 변화를 맞게 됨.

◦ 조세감면규제법은 기본적으로 5년 단위의 한시법으로서 일몰제도가 법 자체 에 내재되어 있었음.

◦ 이와 달리 조특법은 영구법 체제로서 개별 지원제도별로 1년, 2년, 3년, 5년 시한의 일몰제도를 도입하고 있음.

󰠏 조세지출과 관련한 예산상의 강제적 제약은 없음.

◦ 우리나라의 경우 조세지출예산제도가 마련되어 있으나 시행에 관련한 예산 제약은 없음.

◦ 국가재정법상 세출입 변동을 가져올 때 제도 시행 후 5년간 이러한 변동을 상쇄할 지출이나 수입계획을 보고하도록 되어 있으나 강제적인 조항은 아님.

◦ 우리나라 조세지출제도는 5년의 일몰기간이 있으며, 다른 OECD 주요국에 비해 일몰제가 상대적으로 잘 활용되고 있는 편으로 평가됨.¹⁹⁾

□ <표 3>은 조세지원을 포함한 중소기업 지원책 관련 예산 및 조세지출의 최근 현 황을 보여주고 있음.

19) OECD, Tax Expenditures in OECD Countries, 2010, pp.101-105.

법령 현황 예산 및 조세지출 규모

조세 지원

○조세특례제한법

○법인세법

○소득세법

○지방세법 등

○중소기업 조세지출: 3조4,572억 원

󰠏 특별세액 감면: 1조2,149억 원

󰠏자영업자 유가환급금: 8,600억 원

󰠏신용카드 등의 사용에 따른 부가가치세세액 공제: 8,422억 원 등

정책 금융 지원

○한국은행법

○중소기업은행법

○신용보증기금법

○기술신용보증기금법

○지역신용보증재단법

○중소기업진흥에 관한 법률

○벤처기업 육성에 관한 특별조치법 등

○정책금융지원: 10조8,657억 원

󰠏신용보증기관 출연: 2조7,000억 원

󰠏지역신보 재보증 및 보증지원: 6,300억 원

󰠏중소기업은행 출자: 5,000억 원

󰠏중소기업청 융자사업: 5조8,555억 원

󰠏모태조합 출자: 3,450억 원 등 49개 사업

기타 예산 지원사 업

판로 지원

○중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률

○중소기업 진흥에 관한 법률

○하도급거래 정상화에 관한 법률

○국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 등

○판로지원: 941억 원

󰠏내수기업 수출기업화: 200억 원

󰠏무역촉진단 파견:155억 원

󰠏해외규격인증 획득 지원: 120억 원 등 26개 사업

창업 촉진

○벤처기업 육성에 관한 특별조치법

○중소기업창업 지원법

○기업활동 규제완화에 관한 특별조치법

○소기업 및 소상공인 지원에 관한 특별조치법

○창업촉진: 2,221억 원

󰠏창업기업투자보조금: 673억 원

󰠏신기술창업인턴사업: 280억 원

󰠏아이디어상업화 지원: 250억 원 등 19개 사업 기술

혁신 ○중소기업 기술혁신 촉진법

○기술혁신: 1조492억 원

󰠏중소기업 기술혁신개발 지원: 2,620억 원

󰠏부품소재기술개발: 1,893억 원

󰠏산학연공동기술개발: 977억 원 등 30개 사업

인력

지원 ○중소기업 인력지원 특별법

○인력지원: 3,117억 원

󰠏중소기업 훈련 컨소시엄 지원: 790억 원

󰠏중소기업 전문인력 활용 장려금: 412억 원

󰠏중소기업 핵심직무능력향상 지원: 379억 원 등 26개 사업

기타

○중소기업 사업전환 촉진에 관한 특별법

○중소기업 협동조합법

○대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률

○여성기업 지원에 관한 법률 등

○재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법 등

○기타: 4조4,056억 원

󰠏재래시장 시설 현대화: 1,794억 원

󰠏기업 지방이전 촉진사업: 870억 원 등 76개 사업

주: 1) 조세지출은 2008년 기준으로, 예산은 2009년 기준으로 작성된 것임.

2) ‘기타’는 6가지 분야로 분류하기 어려운 예산사업으로 경영합리화, 중소기업 간 협력, 전통시장 지원 등의 분야가 있음.

자료: 국회예산정책처, 󰡔중소기업 지원정책: 예산과 입법과제󰡕, 2009.

<표 3> 중소기업 지원책 관련 법률 및 예산 ․ 조세지출 현황

󰠏 2009년 정책금융 지원, 판로지원, 인력 지원과 같은 직접지출 형태의 예산은 16 조9,484억 원

◦ 직접지출 형태의 중소기업 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 정책금융 지원 으로 신용보증기관 출연과 중소기업청 융자사업을 포함하고 있음.

󰠏 2008년 시행된 조세지출을 통한 중소기업 지원은 3조4,572억 원

◦ 조세지출을 통한 중소기업 지원은 직접지출 예산의 20% 수준에 이름.

◦ 조세지출 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 조특법에 의한 중소기업 특별세 액감면으로 1조2,149억 원을 기록하여, 단일 지원사업 측면에서 중소기업청 융자와 신용보증기관 출연에 이어 세 번째로 높은 수준임.

◦ 이는 중소기업 지원에서 조세지출의 역할이 상당히 큼을 보여줌.

□ <표 4>는 1998년 이후 중소기업 지원을 포함한 조세지출의 분야별 추이를 보여 주고 있음.

󰠏 1998~2008년 기간 중 조세지출 총액은 약 7조7천억 원에서 28조5천억 원으로 4배가량 증가하였음.

◦ 같은 기간 중소기업 지원 관련 조세지출 총액은 2,860억 원에서 3조3,027억 원으로 10배가 넘는 빠른 증가세를 보임.²⁰⁾

◦ 이에 따라 중소기업 지원이 전체 조세지출에서 차지하는 비중은 3.7%에서 11.6%로 확대됨.

◦ 반면 국가경쟁력 제고와 직접적인 관계가 있는 설비투자 지원, 연구 및 인력 개발 지원, 경쟁력 강화 지원 등은 점차로 그 비중이 감소하고 있음.

󰠏 조세지출이 빠른 속도로 증가하면서 2001년 이후 8개 연도 중 5개 연도에서 국

20) 2008년 중소기업 관련 조세지출이 3조3천억 원으로 <표 3>과 약간의 차이를 보이나 이는 집 계과정에서의 오차로 생각됨.

세감면율이 국가재정법에서 정한 국세감면율 한도를 초과함.

◦ 국가재정법은 제88조 제1항에서 국세감면율을 일정수준 이하로 제한할 것을 규정하고 있으나, 단지 국세감면율 준수를 위해 노력하여야 한다고 되어 있 어 법적인 구속력은 없음.

* 제88조 제1항(국세감면의 제한)

①기획재정부장관은 대통령령이 정하는 당해 연도 국세 수입총액과 국세감 면액 총액을 합한 금액에서 국세감면액 총액이 차지하는 비율(이하 “국세감 면율”이라 한다)이 대통령령이 정하는 비율 이하가 되도록 노력하여야 한다.

* 국가재정법시행령 제41조(국세감면의 제한)

③법 제88조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비율”이라 함은 당해 연도의 직전 3년간의 국세감면율의 합을 3으로 나눈 것에 1천분의 5를 더한 비율 을 말한다. 이 경우 비율을 계산함에 있어서 1천분의 1 미만 부분은 없는 것으로 한다.

◦ 그 결과, 국세감면율을 준수하지 않는 경우가 많음.

◦ 이에 따라 최근 과도한 조세지출이 국가재정 건전성을 저해할 우려가 제기되 고 있음.²¹⁾

21) 한국경제신문 2010년 5월 10일자 보도

< 표 4 > 국세 수입 및 조세 지출 총액 　 (단위 : 억 원 , % )

구 분1998년1999년2000년2001년2002년2003년2004년2005년2006년2007년2008년 국세수입 총액677,977756,580929,347957,9281,039,6781,146,6421,177,9571,274,6571,380,4431,614,5911,673,060 조세지출 총액77,305105,419131,440136,208145,999173,869181,759198,498210,368226,936284,971 조세지출총액 (% of GDP)1.541.922.182.092.032.272.202.292.312.332.78 국세감면율1) 10.2412.2312.3912.4512.3113.1713.3713.4713.2212.3214.55 국세감면율 한도2) 12.1212.8612.8813.1413.4513.8413.8613.51 경제개발 지원18,578 (24.03)25,713 (24.39)41,629 (31.67)45,898 (33.70)48,204 (33.02)62,119 (35.73)66,913 (36.81)74,382 (37.47)69,637 (33.10)70,398 (31.02)85,827 (30.12) 중소기업 지원2,860 (3.70)4,90 1(4.65)8,257 (6.28)12,671 (9.30)18,407 (12.61)20,955 (12.05)18,881 (10.39)14,885 (7.50)19,090 (9.07)20,347 (8.97)33,027 (11.59) 설비투자 지원3,623 (4.69)4,642 (4.40)10,087 (7.67)12,381 (9.09)9,568 (6.55)16,318 (9.39)23,590 (12.98)33,569 (16.91)27,243 (12.95)24,331 (10.72)27,037 (9.49) 연구 및 인력개발 지원3,703 (4.79)4,278 (4.06)9,792 (7.45)9,111 (6.69)9,527 (6.53)13,950 (8.02)12,564 (6.91)13,224 (6.66)12,852 (6.11)16,136 (7.11)18,307 (6.42) SOC․ 공공투자 지원5,409 (7.00)5,177 (4.91)4,814 (3.66)4,347 (3.19)3,066 (2.10)3,590 (2.06)3,200 (1.76)2,142 (1.08)6,445 (3.06)5,611 (2.47)2,806 (0.98) 금융산업 지원2,312 (2.99)1,684 (1.60)2,744 (2.09)3,813 (2.80)3,103 (2.13)2,940 (1.69)3,399 (1.87)4,504 (2.27)1,460 (0.69)1,042 (0.46)513 (0.18) 구조조정 지원-3,001 (2.85)4,386 (3.34)1,812 (1.33)1,161 (0.80)279 (0.16)132 (0.07)84 (0.04)--- 경쟁력 강화 지원671 (0.87)2,030 (1.93)1,549 (1.18)1,763 (1.29)3,372 (2.31)4,087 (2.35)5,147 (2.83)5,974 (3.01)2,547 (1.21)2,931 (1.29)4,137 (1.45)

주 : 1) 국 세감면 율 ={ 조세지 출 총액 ÷ (국세수 입 총액 + 조세 지출 총 액 )} × 10 0 2 ) 국 가재정 법 시행 령 제 41 조 제 3항에 따라 저 자가 계 산한 수 치임 (국세감 면율 한 도 = 직전 3 년 국세 감면율 의 평균 +0. 5% ). 자료 : 국세청 , 󰡔국 세통계 연보 󰡕; 통계 청 󰡔국민계 정 󰡕

4. 조세특례제한법상에서의 중소기업 관련 조세지원

□ 조특법이 규정하는 중소기업 범위는 중소기업기본법과 약간의 차이를 보임.

󰠏 중소기업기본법에 비교할 때 조특법상 중소기업 조세지원을 받을 수 있는 업종 은 제한되어 있음(<표 5> 참조).

◦ 두 법 모두 중소기업으로 인정받기 위해서는 업종기준, 규모기준, 독립성기 준을 동시에 충족해야 함.

◦ 두 법은 동일한 규모와 독립성 기준을 적용하고 있으나,

◦ 중소기업기본법이 업종제한을 하지 않고 있는 것과 달리 조특법상 조세지원 은 조특법 시행령(제2조 제1항)에서 지정하는 33개 업종만 가능함.

󰠏 반면 소기업 규모 기준이나 중소기업 지위가 적용되지 않는 예외조건, 적용유예 등에서는 조특법이 상대적으로 더욱 포괄적임.

◦ 제조업의 경우 중소기업기본법은 상시근로자 수 50인 미만을 소기업으로 규 정하고 있으나 조특법은 100인 미만으로 하고 있음.

◦ 중소기업 처우를 받지 못하는 예외조건도 자기자본의 경우 조특법이 1천억 원 이상으로 규정하고 있는데 반해 중소기업기본법은 500억 원 이상으로 정 하고 있음.

◦ 또한 중소기업을 졸업할 경우 적용되는 3년 유예제도에서도 조특법은 3년 이후 매년 판단 조항이 있어 기업의 규모 변화에 보다 유연한 입장을 보이고 있음.²²⁾

22) 유예적용 대상 조건은 두 법 모두 동일하다. 즉 종업원 수, 자본금, 매출액이 업종별로 중소기 업기본법 시행령 기준에 초과하는 경우, 졸업기준에 해당하는 경우, 중소기업이 중소기업기 본법 시행령의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때 기업은 중소기업의 범위를 초 과하더라도 3년간의 유예기간을 적용받는다. 단, 조특법에서는 이 같은 유예기간이 적용되지 않는 경우를 규정하고 있다. 즉, 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 경우, 유예기간 중의 기업 과 합병하는 경우, 창업 후 12개월 이내에 중소기업 범위를 벗어나는 기업, 독립성 기준을 충 족하지 못하게 되는 경우에 한해 유예기간을 적용하지 않는다.

중소기업기본법 조세특례제한법 해당

업종 ○모든 업종

○지원내용별로 해당업종에 제한이 있 음(조특법 시행령 §2①, 동법§6③ 및

§7①에 열거된 업종에 한정)

규모 기준

○중소기업법 시행령 별표1의 업종별로 정한 상시근로자 수․자본금․매출액 중 하나 이상 요건 충족

[예]

󰠏 제조업: 300인 또는 자본금 80억 원 󰠏 건설업: 300인 또는 자본금 30억 원 󰠏 도매업: 200인 또는 매출액 200억 원

○중소기업법과 같음

소기업 규모 기준

○중소기업 중 주된 사업이

󰠏 광업․제조․건설․운송: 50인 미만 󰠏 이 외 업종: 10인 미만

○중소기업 중 주된 사업이 󰠏 제조: 100인 미만

󰠏 광업․건설․물류산업․여객운송업:

50인 미만 󰠏 기타: 10인 미만 독립성

기준

○자산총액 5천억 원 이상인 법인이 발 행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있는 기업 제외¹⁾

○상호출자제한기업집단 제외

○중소기업법과 같음

기타 예외 조건

○상시근로자 수가 1천 명 이상인 기업

○자산총액이 5천억 원 이상인 기업

○자기자본이 500억 원 이상인 기업²⁾

○직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1,500억 원 이상인 서비스업³⁾

○기업이 주식 등의 소유로 지배를 하는 자회사가 있는 경우, 자회사의 규모가 중소기업 기준 범위를 초과하는 경우⁴⁾

○상시근로자 수가 1천명 이상인 기업

○자산총액이 5천억 원 이상 또는 매출 액이 1천억 원 이상인 기업

○자기자본이 1천억 원 이상인 기업

졸업 기준

○상시근로자 수 1,000명, 자산총액 5천 억 원 이상인 법인

○상시근로자 수 1,000명, 자기자본 1,000억 원, 매출액 1,000억 원 또는 자산총액 5,000억 원 이상인 법인 적용

유예

○사유발생연도와 그 다음 3년간은 중소 기업으로 봄

○최초 1회에 한하여 사유발생연도와 그 다음 3년간 중소기업으로 봄

○그 후에는 매년 판단 주: 1) 30% 주식보유 요건은 2012년부터 시행

2), 3) 2009년 3월 개정, 2012년 시행 4) 2009년 3월 개정, 2011년 시행

자료: 국세청, 󰡔중소기업 창업과 알기 쉬운 세금󰡕, 2007.

<표 5> 중소기업기본법과 조세특례제한법상 중소기업의 범위 비교

□ 조특법은 10개 분야에 걸쳐 39개의 중소기업 조세지원 제도를 시행 중임.

󰠏 11개 분야는 창업, 사업, 투자, 연구 및 인력개발, 고용지원, 상생협력, 기업구조 조정, 지역 간 균형발전, 공익사업, 증여, 간접세 등임.

◦ 본고에서는 중소기업에만 적용되는 지원제도를 중심으로 검토하며, 임시투 자세액공제 등 기업 전반에 대한 지원제도는 포함하지 않음.

□ 창업 분야(7개 조항)

󰠏 창업(벤처) 중소기업 등에 대한 세액감면(제6조)

◦ 창업 후 최초소득이 발생한 과세연도를 포함 이후(혹은 창업 후 4년 경과 후) 4 년간 법인세․소득세 50% 감면

◦ 농어촌 지역에서 창업할 경우에 한하며 업종제한(예: 비디오방, 자영예술가 등 제 외)이 있음.

◦ 또한 영위하던 사업을 법인 전환하여 새로운 법인 설립 또는 폐업 후 동종사 업을 다시 하는 경우 등은 창업에서 제외함.

󰠏 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세(제13조)

◦ 배당소득과 양도차익에 대한 법인세 면제

◦ 중소기업 창업자에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분의 배당소득과 양도 시 양도차익에 대하여 적용함.

◦ 간접적 중소기업 지원

󰠏 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례(제14조)

◦ 양도소득세 비과세

◦ 유한회사 또는 신기술사업금융업자가 창업자에게 출자하여 취득한 주식 등 의 양도소득에 대해 적용함.